雖然在《攻殼機動隊》真人版目前為止的預告片中， 關於改編資訊寫的都是「改編自士郎正宗漫畫」而並不會提到押井守的《攻殼機動隊》電影版動畫，
當年押井守的《攻殼機動隊》劇場版動畫是萬代邀請押井守擔任監督， 這部動畫本身是萬代與美國的 Manga Entertainment 跨國合作的一部分， 雖然押井守本人可能沒考慮過《攻殼機動隊》這部作品在日本以外國家的商業展開， 但是本身的日美合作屬性就讓《攻殼機動隊》的劇場版動畫自企劃誕生之日起面向的就是世界市場，
在士郎正宗的原作漫畫中， 故事開頭是接受了秘密義體化手術的草薙素子暗殺外國政要， 在漫畫中日本公安在高層建築中要逮捕外國政府官員，
而在這個經典的劇情之後， 士郎正宗的漫畫與押井守的劇場版就產生了劇情分歧， 在漫畫中第二個故事是素子去突襲一個孤兒救助中心， 這個中心表面是慈善機構實際上是對人類進行洗腦和利用， 在這場行動之後公安九課正式成立。 之後九課的成員跟蹤一個無意間黑了外務省翻譯的機械人的清潔公司員工， 順藤摸瓜發現這筆後的一切是把基地設在擇捉島前蘇聯潛艇上的一家日本電子公司所策劃的， 漫畫的故事就是九課與恐怖組織、犯罪分子戰鬥， 與日本政府無意間創造出來的有了類似人類靈魂的傀儡師周旋， 最後在巴特的幫助下草薙素子躲過了日本公安與國外情報機構，
在漫畫原作中傀儡師是在終盤才真正出現的角色， 而在押井守的劇場版動畫中， 為了讓故事更加的流暢連貫，押井守以傀儡師相關事件作為劇場版故事的主幹，因此在劇場版一開始暗殺要人的行動中就不斷的出現涉及傀儡師的臺詞，然後引出了外務省長官翻譯被黑事件，不過劇場版中的罪魁禍首是傀儡師，而在漫畫中這件事和傀儡師沒關係。為了簡化劇情，押井守砍掉了原作漫畫中關於國際政治關係的部分，只是模糊的給出了一個國家關係設定。
押井守和編劇伊藤和典不僅將原作漫畫比較碎片化的劇情重新梳理成完整的傀儡師的故事，還讓劇情風格有了很大的轉變，在劇場版中押井守突出了原作中草薙素子的賽博朋克與未來感，但是讓角色表情顯得抑鬱而且角色沒有過多的情感表現，在劇場版動畫中巴特對於素子或多或少有些小心思，但素子本身並沒有任何的回應可言。而在漫畫中素子姐姐與九課成員之間大大咧咧情感豐富還有戀愛。
另一個重要的區別是故事的舞臺，士郎正宗原作漫畫中的舞臺是未來的日本，摩天大樓到處聳立，還有工業區與衰敗的城市街區，以及可以讓九課成員賞櫻放送的神社，而押井守的劇場版動畫中則是把未來的摩天大樓、工業區與香港街區結合，故意的讓整個舞臺看起來特別的狹小緊迫，通過高密度的背景畫面來體現資訊的密度。從劇情到故事舞臺的魔改，讓押井守的劇場版與漫畫完全是兩個感覺，而另一些具體的戰鬥場景，例如在真人版中也出現了的水中戰鬥，押井守說是靈感源於當時的遊戲 VR 戰士。
押井守對於角色處理的抑鬱化以及劇本當中各種對於靈魂為何物的自我思考，為草薙素子這個角色變得更深度，關於以草薙素子或者《攻殼機動隊》為例的身心二元討論學術論文也有不少，草薙素子在劇場版中對於存在與靈魂關係的迷茫，其實在人群中是挺普遍的，素子姐姐是在一個封閉而約束的系統中，需要解放自我的新出路，
為了讓故事更加的流暢連貫，押井守以傀儡師相關事件作為劇場版故事的主幹，因此在劇場版一開始暗殺要人的行動中就不斷的出現涉及傀儡師的臺詞，然後引出了外務省長官翻譯被黑事件，不過劇場版中的罪魁禍首是傀儡師，而在漫畫中這件事和傀儡師沒關係。為了簡化劇情，押井守砍掉了原作漫畫中關於國際政治關係的部分，只是模糊的給出了一個國家關係設定。
押井守和編劇伊藤和典不僅將原作漫畫比較碎片化的劇情重新梳理成完整的傀儡師的故事，還讓劇情風格有了很大的轉變，在劇場版中押井守突出了原作中草薙素子的賽博朋克與未來感，但是讓角色表情顯得抑鬱而且角色沒有過多的情感表現，在劇場版動畫中巴特對於素子或多或少有些小心思，但素子本身並沒有任何的回應可言。而在漫畫中素子姐姐與九課成員之間大大咧咧情感豐富還有戀愛。
另一個重要的區別是故事的舞臺，士郎正宗原作漫畫中的舞臺是未來的日本，摩天大樓到處聳立，還有工業區與衰敗的城市街區，以及可以讓九課成員賞櫻放送的神社，而押井守的劇場版動畫中則是把未來的摩天大樓、工業區與香港街區結合，故意的讓整個舞臺看起來特別的狹小緊迫，通過高密度的背景畫面來體現資訊的密度。從劇情到故事舞臺的魔改，讓押井守的劇場版與漫畫完全是兩個感覺，而另一些具體的戰鬥場景，例如在真人版中也出現了的水中戰鬥，押井守說是靈感源於當時的遊戲 VR 戰士。
押井守對於角色處理的抑鬱化以及劇本當中各種對於靈魂為何物的自我思考，為草薙素子這個角色變得更深度，關於以草薙素子或者《攻殼機動隊》為例的身心二元討論學術論文也有不少，草薙素子在劇場版中對於存在與靈魂關係的迷茫，其實在人群中是挺普遍的，素子姐姐是在一個封閉而約束的系統中，需要解放自我的新出路，