消化道內進行著兩個重要的生理過程：飼料原料的消化和營養物質的吸收。 從本義上講， 飼料消化產生了各種不同的新分子， 如各種肽類、低聚糖、甘油三酯的衍生物和磷脂類。 這些物質都具有各種不同的生理功能， 可以作為宿主動物的營養源。
此外， 由於飼料原料分子的複雜性， 添加酶製劑不可能將難消化的飼料原料全部都降解成單糖或氨基酸以供吸收。 胃腸道的消化反而會產生各種不易消化的低聚糖和肽類， 這可能使胃腸道具有新的生理功能。 深入瞭解這些低聚類產物在維持有益的腸道微生物區系上的作用，
通常到達腸道的飼料蛋白可作為必需和非必需氨基酸的來源。 然而， 當動物採食各種品質和數量的蛋白質， 就會產生大量、不同類的肽產物。 這些肽類通常能夠耐受消化道內的蛋白水解酶的進一步消化。 這就意味著有大量的不同種類肽可能一直存在於腸道內容物中， 這些從飼料蛋白中來源的肽類被稱為生物活性肽（BAPs）（Froetschel， 1996）。
BAPs能夠被完整的吸收， 並能夠通過結合特殊的受體來調控消化、食欲、免疫功能和內分泌代謝。 植物性和動物性的蛋白都含有BAPs。 乳、小麥和大豆蛋白曾被廣泛研究。 在β-酪蛋白中的一條特殊的肽鏈序列曾被大量的研究， 這種BAPs是從β-酪蛋白水解產物中分離出來的，
BAPs存在於各種蛋白源中， 如小麥、乳和大豆， 可以小至三肽。 它們能夠影響不同種類動物的胃腸蠕動和食糜流通速率。 然而， 它們對消化功能、代謝和採食調控方面的影響程度還是未知的。 從乳中和其他蛋白來源獲得的多肽的大小和結構及其功能表明， 它們是普遍存在， 但在許多情況下， 其作用又是不確定的。
從日糧蛋白源中獲得更大的生理價值顯然是有潛力的。 使用特殊的蛋白水解酶可能會在日糧中產生BAPs， 並對動物的生長和生產性能發揮有益影響。 這將需要有大量的工作來建立已知飼料蛋白源的BAPs序列，
在目前為止， 使用非澱粉多糖（NSP）降解酶產生低聚糖的意義還不完全清楚。 NSP的降解酶由於能夠降低腸道內容物的黏性， 曾被認為是有益的。 可是， 它們也會產生一定的數量低聚糖。 如前所述， 利用相對少的NSP酶並不能降解β-葡聚糖、戊聚糖、甘露聚糖、果膠或纖維素生成單糖， 而會產生一定量的低聚糖。 這些低聚糖的生理功能尚不淸楚。 NSP降解酶產品的困難在於， 在多數情況下， 其終產物沒有被很好地鑒定， 因而， 也不能確定其生理效應。
脂肪、油脂和磷脂的消化產物也有發揮生理效應的潛力。 如棕櫚仁油和椰子油富含一種中鏈脂肪酸：月桂酸。
同樣， 磷脂的消化產物也具有重要的生理效應。 卵磷脂經常作為營養源或乳化劑加入飼料內使用。 如前所述， 磷酸酯酶A2作用於卵磷脂能夠產生溶血卵磷脂， 該產物有促進吸收的功能。
全方位營養一方面需要將消化的終產物作為營養源，