瓜迪奧拉執掌拜仁三年， 是非功過在此不做評價， 但在他任內的一筆交易可以說是為接下來幾年的歐洲足壇初步“定型”——可惜不是給他自己的球隊，
2014年夏天， 與拜仁僅剩1年合同的克羅斯以3000萬歐元的白菜價轉投皇馬， 這筆交易也是瓜帥執掌拜仁期間爭議最大的：自克羅斯離開拜仁之後， 皇馬拿到了2個歐冠冠軍， 而瓜迪奧拉的拜仁則連續被巴薩、皇馬和馬競淘汰出局。
當然， 低價賣走克羅斯不能算是瓜迪奧拉的鍋， 克羅斯後來也承認：“瓜迪奧拉一直想要我留下， 只是俱樂部和我沒有達成一致。 ”當時， 合同只剩下一年的克羅斯與經紀人攜手獅子大開口要求大幅漲薪， 這有悖於拜仁的傳統， 俱樂部高層一氣之下乾脆拒絕續約， 送走了這尊“瘟神”。
克羅斯不是瓜帥親手賣掉的， 但他在瓜帥手下地位不高卻是事實。 13/14賽季， 克羅斯在瓜帥手下並非絕對主力， 只有24次聯賽首發。 作為對比， 克羅斯在2014年巴西世界盃上打滿7場比賽， 出戰690分鐘（包括對陣阿爾及利亞和阿根廷的兩個加時賽）。 克羅斯在德國國家隊都是絕對主力， 在拜仁卻不是， 這顯然不是俱樂部高層的責任，
相對于克羅斯這種能力均衡、小技術稍欠的中場， 瓜帥明顯更愛自己一手培養出來的傳統西班牙中場蒂亞戈。 自加盟拜仁以來， 只要沒有傷病， 蒂亞戈永遠是瓜帥的第一選擇。 在瓜帥心中， 蒂亞戈是一個比克羅斯優秀的球員。
為了讓拜仁簽下蒂亞戈， 瓜迪奧拉甚至放出了“要麼蒂亞戈， 要麼誰都不要”的狠話， 逼得拜仁不得不簽下了這位西班牙天才。 公平的說， 蒂亞戈也是非常出色的中場， 但除了瓜迪奧拉， 誰會認為他比克羅斯出色？而且蒂亞戈的身體狀況始終不穩定，
離開拜仁時， 《轉會市場》網站對克羅斯的估價是4200萬歐元， 如今德國人的估價已經達到了7000萬歐元， 上漲了67%。 世界第一中場？或許這個名頭有爭議， 但誰都知道如果沒有克羅斯， 過往兩個賽季的歐冠冠軍恐怕不會屬於皇馬。