辣椒細菌性瘡痂病發生在幼苗、葉片、葉柄、莖、果實和果柄等部位， 尤其在葉片上發生普遍。 幼苗發病， 子葉上生銀白色小斑點， 呈水漬狀， 後變為暗色凹陷病斑。 幼苗受侵染常引起落葉， 植株死亡。
成株期葉片發病， 初期呈水漬狀黃綠色的小斑點， 後擴大變成圓形或不規則形、邊緣暗褐色且稍隆起、中部顏色較淡稍凹陷、表皮粗糙的瘡痂狀病斑。 有的在葉片上表現出褐色不規則形病斑， 病斑邊緣隆起， 連在一起， 病斑周圍大片呈黃褐色；有的葉片上的病斑多且小， 近圓形， 邊緣黑褐色， 中間黃褐色;有的沿著葉緣發病， 在葉片邊緣呈黃褐色和暗褐色的連片病斑， 植株受害加重。 受害重的葉片， 葉緣、葉尖常變黃乾枯， 嚴重時破裂穿孔， 甚至整片葉變黃乾枯， 最後脫落;若病斑沿葉脈發生時， 常使葉片畸形， 當病原菌侵染生長點時， 使新生葉變褐萎蔫，
莖稈發病初生水漬狀不規則的條斑，
後木栓化隆起，
縱裂呈潰瘍狀瘡痂斑。
葉柄和果柄上的病斑，
大體與莖上病斑相似。
果實上初生黑色或褐色隆起的小點， 或為一種具有狹窄水漬狀邊緣的泡疹， 逐漸擴大， 成為隆起的圓形或長圓形的黑色瘡痂斑。 病斑邊緣有裂口， 開始時並有水漬狀暈環， 潮濕時瘡痂中間有菌液溢出， 幹後成一層發亮的薄膜。
辣椒細菌性瘡痂病傳播很快， 前期預防工作尤為重要， 在發病前和發病初期施藥， 能有效地預防和空制病害的發生和傳播。
(1)生物藥劑防治使用生物農藥， 如農用鏈黴素和中生菌素能有效地防治辣椒細菌性瘡痂病， 用72%農用鏈黴素可濕性粉劑4000倍液噴霧， 隔7天噴1次， 連續噴2～3次；也可用3%中生菌素可濕性粉劑600倍液噴霧， 隔5天噴1次， 連續噴2～3次。
(2)化學藥劑防治要使用高安全性的化學藥劑進行防治，
(3)在黃單胞菌侵染辣椒之前， 溫室中使用植物抗病誘導劑50%苯並噻二唑水分散粒劑40000倍液噴霧， 能夠使植株抗黃單胞菌的侵染。 大田中每公頃使用該藥劑有效成分17～35克進行噴霧， 能夠降低植株發病率。