作者：麥子
Blast（Basic Local Alignment Search Tool）， 可謂生信領域最常用的工具， 拿到一段序列（測序結果， 或設計好的引物等等）， 一般都會去blast一下， 查找相似序列。 在查找相似序列的基礎上衍生出了各種作用，
量身選用資料庫
網址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
做BLAST不僅要考慮選擇哪種演算法， 還要考慮選哪個資料庫來比對。 我們最常用的可能就人類或小鼠基因組+轉錄組， 但仍可根據自身情況選擇合適的資料庫， 能大大節省檢索時間， 並提高返回的結果的品質和特異性。
不過這麼多庫怎麼選呢， 可以點一下旁邊的問號（Help）， 查看選所的資料庫的說明：
再者， 如果你已經知道你要查的序列來自哪個物種， 或你要跟哪個物種比對， 也可以在Organism選項框中輸入， 也可以減少BLAST的操作程式， 節省時間。
不同的序列要用不同的演算法
BLAST工具跟一套手術器械似的， 不同的演算法幹不同的活， 得根據自己需要的資訊， 選擇需要的工具。 可以看到檢索頁面上方有5個選項卡， 分別代表5種查詢類型。
各大類之下可能還有幾個小分類可選：
它們的功能要點總結如下：
結果解讀
找一小段蛋白序列來試一下那個新演算法Quickblastp。 可能是我的序列太短了， 並沒有感覺到Quick (0.0) 如果你的序列夠長可以體會一下。
首先會看到一個表頭， 展示這次比對的基本資訊， 如比對類型、序列長度、所選的資料庫等等， 就不貼圖了。
接下來就是圖形描述（Graphic Summary）。
第一部分是保守域， 當檢測到時才會顯示。
第二部分是比對上的序列（hit）在查詢序列上的分佈。 有刻度的條帶是序列的座標， 其下的每一個細條帶代表一段hit， 其顏色是按上方的顏色尺規顯示比例得分（alignment score）， 得分越高， 相似度越高。 另外還可注意E value， E值越低，
保守域也可點開查看詳情， 在每個hit上懸浮滑鼠可看到它編碼的蛋白的3D結構圖以及功能等詳細說明， 在下方的列表中點開+號還可看到具體的序列。
這樣便可對你的序列特徵和功能有個大致的瞭解。
參考資料：
1.http://bitesizebio.com/21223/how-does-blast-work/
2.http://bitesizebio.com/26522/blast-off-the-basic-local-alignment-search-tool-explained/
3.ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf
投稿郵箱： tougao@helixlife.com.cn
1.http://bitesizebio.com/21223/how-does-blast-work/
2.http://bitesizebio.com/26522/blast-off-the-basic-local-alignment-search-tool-explained/
3.ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf
投稿郵箱： tougao@helixlife.com.cn