中國人民解放軍空軍軍醫大學是一所為軍隊培養高、中層次醫學專門人才的綜合性醫科全國重點大學, 是國家“211工程”、全軍“2110工程”重點建設院校之一,“卓越醫生教育培養計畫”試點高校。
學校機關設四部、8個專業院系和研究生院, 下轄三所附屬醫院。
學校有國家重點學科15個, 其中基礎醫學被認定為一級學科國家重點學科, 另有國家重點(培育)學科4個, 國家“211工程”重點學科建設專案12個, 全軍重點建設學科專業領域3個, 博士學位一級授權學科11個, 碩士學位一級授權學科13個, 覆蓋65個博士學位授權學科、77個碩士學位授權學科,
一級國家級重點學科:基礎醫學。
二級國家級重點學科:神經生物學、細胞生物學、生物化學與分子生物學、人體解剖與組織胚胎學、病原微生物學、病理學與病理生理學、內科學(消化系病)、內科學(傳染病)、外科學(骨外)、外科學(神外)、外科學(胸心外)、皮膚病與性病學、口腔臨床醫學、軍事預防醫學、航空、航太與航海醫學。
國家級教學團隊(2個):人體解剖與組織胚胎學教學團隊、口腔修復學教學團隊。
國家重點實驗室:腫瘤生物學國家重點實驗室、軍事口腔醫學國家重點實驗室。
國家衛生部臨床藥理基地:西京醫院、秦都口腔醫學院。
全軍醫學研究所:神經科學研究所、基因診斷技術應用研究所、心血管病研究所、消化內科研究所、骨科研究所、骨腫瘤研究所、神經外科研究所、眼科研究所、口腔醫學研究所、優生優育圍產醫學研究所、整形外科研究所、皮膚病研究所、功能神經外科研究所。