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新技術上臨床,簡單實驗也能發8分

作者:Karry

看到這樣一篇把先進的技術應用到臨床的文章, 小編真的是欲罷不能, 讚歎不已, 發現做研究型醫生還真的還挺有意思的。

這次分享的文章Utility of Genomic Analysis In Circulating Tumor DNA from Patients with Carcinoma of Unknown Primary, 發表在CANCER Research (IF=8.55)上。 (回復170825可下載, 一周有效)

迴圈腫瘤DNA(以下簡稱ctDNA), 早在1987年就從腫瘤患者的外周血中分離出來。 近年來隨著二代測序技術(Next Generation Sequencing, NGS)的飛速發展, 個體化治療(精准醫學)火遍國內外, 也使得ctDNA檢測在臨床應用中意義越來越大。 可想而知, ctDNA檢測與傳統的腫瘤活檢組織進行測序相比, 具有無可比擬的優勢。

ctDNA檢測只需要採集數毫升血液樣本即可, 比腫瘤組織活檢操作簡單、安全、患者接受度高。 而大家都知道, 腫瘤具有明顯的異質性, 即使是同一個腫瘤組織, 也存在多種類型的基因變異, 而ctDNA檢測能夠一次性檢測到多種基因變異。

此外, 腫瘤治療過程中經常發生耐藥, 多由於其分子遺傳學特點會發生改變所致, 而ctDNA檢測的諸多優點也使得多次取樣變得容易,

因此ctDNA檢測更容易用於治療過程的療效監測。 ctDNA檢測是個好方向!

再來看研究的疾病是原發灶不明癌(Carcinoma of Unknown Primary, CUP), 就是那種不知道哪來的腫瘤。 研究表明大約60%的CUP為良好/中度分化的腺癌, 30%為分化不良的腺癌, 5%為上皮癌, 1%為神經內分泌腫瘤。

這麼多種類型, 但是對於CUP的治療目前主要是以鉑劑為基礎的聯合化療法, 而應答率只有20%-40%, 中位生存時間也很短6-8個月。 很顯然, 這並不符合目前宣導的精准治療。

要想精准治療, 首先要精准診斷。 測序技術的發展讓醫生得以換一種診療思路, 可以繞過難以找得到的原發灶, 直接進行基因診斷, 找到哪些基因出了問題, 再進行各種分子、免疫治療。 這就是本研究的切入點,

其實是把複雜的問題簡單化, 尋找根源, 忽略過程。

而這篇文章所使用的方法, 真的簡單到不能再簡單了!只有NGS, 對腫瘤相關基因進行檢測!材料也只有442例CUP患者的外周血。 接下來就來流覽一下研究者都做了哪些分析。

1、CUP基因組改變的情況

這部分對CUP患者的ctDNA檢測結果進行了系統的描述,

包括檢測到了基因組改變的患者數目, 錯義突變、插入、缺失、擴增、融合等各種類型變異的數目, 明確有致病性的變異數目(768個), 致病意義不明的變異數目, 攜帶1個、2個或以上變異的患者數目。

接下來就是對檢測到的基因改變按照基因分別進行統計,

如圖所示, 觀察到CUP患者中最常發生改變的基因是TP53, KRAS, PIK3CA, 這和先前對CUP轉移灶活檢組織的研究結果比較一致。

2、89.6%的明確致病性基因改變可能有針對性治療方案

對檢測到明確致病性基因改變的基因進行分類統計, 主要根據信號通路,而針對這些信號通路,如酪氨酸激酶、MAPK、PI3K、細胞週期相關通路上的基因的變異,理論上大部分(98%,753/768)都有靶向治療方案,可以治療63.8%(282/442)的CUP患者。振奮人心!

3、442例CUP患者基因組改變的特殊性

攜帶1個基因改變的290例CUP患者中,約12%的CUP患者攜帶相同的分子改變;而攜帶2個及以上基因改變的CUP患者,沒有攜帶相同分子改變的患者。這也提示在CUP患者的臨床治療中,聯合多種靶向藥物治療才能有效改善臨床結局。

4、病例1,ctDNA測序監測腫瘤治療過程中基因組改變動態變化

評價一項醫學研究是否有意義,最終都要拿到臨床上來檢測。研究者舉出了兩個臨床實例。上圖中為一例60歲老年CUP女性患者,在疾病過程中共進行了5次ctDNA檢測。

開始治療前進行一次ctDNA檢測,發現了MYC和JAK2基因突變,根據這一結果開始了吉西他濱和順鉑治療,觀察到治療後腫瘤體積減小,MYC、JAK2突變減少消失,但是出現了其他基因變異,APC, NF1, KIT, AR和STK11。

於是增加了帕唑帕尼治療,由於順鉑毒性作用停止了順鉑治療,有意思的是停用順鉑之後MYC基因突變又重新出現。這個病例很好地說明了ctDNA檢測對腫瘤治療過程中動態監測作用。

5、病例2,根據ctDNA檢測結果進行相應免疫和靶向治療CUP患者

病例2,是一名82歲老年男性腺癌患者,原發灶不明,有肝臟和淋巴結轉移。ctDNA檢測到KRAS G12D和MLH1 R389W突變,根據這一檢測結果給予曲美替尼(MEK通路抑制劑作用於下游的KRAS)和納武單抗(細胞週期檢測點抑制劑,與MLH1活性有關)。可以發現患者在第8周時有部分應答和CA19-9腫瘤標誌物下降。

主要根據信號通路,而針對這些信號通路,如酪氨酸激酶、MAPK、PI3K、細胞週期相關通路上的基因的變異,理論上大部分(98%,753/768)都有靶向治療方案,可以治療63.8%(282/442)的CUP患者。振奮人心!

3、442例CUP患者基因組改變的特殊性

攜帶1個基因改變的290例CUP患者中,約12%的CUP患者攜帶相同的分子改變;而攜帶2個及以上基因改變的CUP患者,沒有攜帶相同分子改變的患者。這也提示在CUP患者的臨床治療中,聯合多種靶向藥物治療才能有效改善臨床結局。

4、病例1,ctDNA測序監測腫瘤治療過程中基因組改變動態變化

評價一項醫學研究是否有意義,最終都要拿到臨床上來檢測。研究者舉出了兩個臨床實例。上圖中為一例60歲老年CUP女性患者,在疾病過程中共進行了5次ctDNA檢測。

開始治療前進行一次ctDNA檢測,發現了MYC和JAK2基因突變,根據這一結果開始了吉西他濱和順鉑治療,觀察到治療後腫瘤體積減小,MYC、JAK2突變減少消失,但是出現了其他基因變異,APC, NF1, KIT, AR和STK11。

於是增加了帕唑帕尼治療,由於順鉑毒性作用停止了順鉑治療,有意思的是停用順鉑之後MYC基因突變又重新出現。這個病例很好地說明了ctDNA檢測對腫瘤治療過程中動態監測作用。

5、病例2,根據ctDNA檢測結果進行相應免疫和靶向治療CUP患者

病例2,是一名82歲老年男性腺癌患者,原發灶不明,有肝臟和淋巴結轉移。ctDNA檢測到KRAS G12D和MLH1 R389W突變,根據這一檢測結果給予曲美替尼(MEK通路抑制劑作用於下游的KRAS)和納武單抗(細胞週期檢測點抑制劑,與MLH1活性有關)。可以發現患者在第8周時有部分應答和CA19-9腫瘤標誌物下降。

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