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全身性疾病：在兒童時期， 如果長期患慢性疾病， 或有嚴重的營養不良， 或缺乏維生素和某些微量元素， 都會形響生長而致身材矮小。 另外， 一些寄生蟲疾病， 如血吸蟲病、肝吸蟲病、鉤蟲病等， 也會引起身材矮小， 導致侏懦症。 內分泌疾病：人體生長發育的整個過程都和內分泌關係密切。 只要某種原因造成內分泌功能紊亂， 就可影響兒童的生長發育而導致身材矮小。 例如：生長激素的缺乏可引起垂體性侏儒症， 甲狀腺激素缺乏可引起呆小症。
營養代謝性疾病，
如慢性寄生蟲病、吸收不良綜合症、佝僂病、抗維生素D性佝僂病、腎性佝僂病、慢性重度營養不良、糖尿病等;
骨骼疾病：骨骼的生長發育對一個人的身高和體型是非常重要的，
一旦骨骼發生了病變，
就直接影響到兒童青少年的生長，
導致身材矮小，
引起侏儒症。
例如軟骨發育不全、多發性骨骺發育不良、成骨發育不全、脊柱畸形等疾病。
血循環障礙和長期缺氧，
如先天性心臟病、廣泛的慢性肺部疾病等;