隨著檢察機關提起公益訴訟試點工作的深入推進， 我國的行政公益訴訟制度逐漸從理論走向現實。 雖然試點過程中已初步勾勒出行政公益訴訟基本制度的輪廓， 但行政公益訴訟制度的構建需要包括自起訴立案至裁判履行的一套完整的制度設計， 配以特殊規則來滿足行政公益訴訟的要求和與傳統行政訴訟相銜接的規定。 舉證責任分配作為其中的重點問題， 不僅關係到案件事實的認定， 左右著裁判的結果， 而且直接影響到行政公益訴訟功能的發揮和制度的命運。
舉證責任的內在構成及其本質
舉證責任法律制度的淵源最早可以追溯至羅馬法上“原告有舉證之義務”的原則。 所謂舉證責任， 是指當事人雙方必須對自己提出的訴訟請求和應當由自己舉證的事實提供證據加以證明， 否則便承擔敗訴風險及不利證據後果的訴訟法律責任。 舉證責任的核心內容涉及兩點：一是指當事人對自己提出的訴訟請求和應當由自己舉證的事實有提供證據加以證明的義務， 即“行為意義上的舉證責任”；二是指負有證明義務的一方當事人如果不能提供證據加以證明則要承擔敗訴的風險及不利證據後果， 即“結果意義上的舉證責任”。 其中， 前者是一種無條件的、可以反復進行並發生轉移的證明責任，
行政公益訴訟舉證責任的分配
正所謂“任何一制度之創立， 必然有其外在的需要， 必然有其內在的用意， 則是斷無可疑的。 ”儘管與傳統行政訴訟在“私益”範圍監督行政不同， 行政公益訴訟強調的是在“公益”領域督促依法行政， 但其本質上仍屬於行政訴訟， 其舉證責任制度的設計應當遵循行政訴訟舉證責任分配的基本原則即“舉證責任倒置”原則， 不應因行政公益訴訟起訴人舉證能力的不同而有所改變。 行政公益訴訟舉證責任分配遵循“舉證責任倒置”原則， 既有行政法基本原理的支撐也是實現制度的價值功能所需。
首先， 行政法治原則是確立行政訴訟舉證責任分配的根本原則。 行政訴訟確立“舉證責任倒置”原則， 看似主要是因為行政相對人的舉證能力不及行政機關而出於舉證公平的考慮而設置， 但其實最根本的原因是行政法治原則的要求。 行政訴訟起訴人舉證能力的強弱只涉及“行為意義上的舉證責任”對抗的強度， 不能改變“結果意義上的舉證責任”後果的承擔， 不能因為行政公益訴訟起訴人的舉證能力可能增強， 而要求將“舉證責任倒置”原則改為“誰主張誰舉證”原則。 這既不符合行政法治的要求， 也不符合行政公益訴訟監督行政的制度目的。
其次， 行政公益訴訟舉證責任分配確立“舉證責任倒置”原則符合“最有利於客觀事實再現”原則。
最後， 確立“舉證責任倒置”原則是實現行政公益訴訟制度價值功能的客觀要求。
行政公益訴訟舉證責任的具體分配
雖然行政公益訴訟因其本質上屬於行政訴訟而應當遵循“舉證責任倒置”原則，但行政公益訴訟畢竟是不同于傳統行政訴訟的一種新型行政訴訟模式，其在舉證責任的具體分配上與傳統的行政訴訟既有相同之處也有著特殊的規則。
就行政公益訴訟與傳統行政訴訟舉證責任具體分配的相同之處而言，總體上起訴人都應當就符合起訴條件等有關程式性的事實負舉證責任，被告應當就被訴行政行為的合法性承擔舉證責任。詳言之，根據行政訴訟法第四十九條、《關於行政訴訟證據若干問題的規定》第四條及《人民檢察院提起公益訴訟試點工作實施辦法》第四十五條第一項的規定，起訴人應當提供符合起訴條件的證據材料主要包括以下內容：（1）證明起訴人是適格的起訴主體的證據材料；（2）證明被訴行政行為存在的證據材料；（3）符合其他起訴條件的證據材料，如法定覆議前置案件應提供經過覆議的證明材料；（4）在不屬於被告應當依職權主動履行法定職責和原告因正當理由不能提供證據的情形下，起訴被告不作為原告應提供其向被告提出申請的證據。根據行政訴訟法第三十四條、《關於行政訴訟證據若干問題的規定》第一條第一款的規定，被告應當提供作出被訴行政行為的全部證據和所依據的規範性檔，主要包括以下內容：（1）有關被告職權依據的證據材料；（2）有關被訴行政行為程式方面的證據材料；（3）有關被訴行政行為所認定事實的證據材料；（4）作出被訴行政行為所依據的規範性檔。
行政公益訴訟區別于傳統行政訴訟舉證責任具體分配的特殊規則主要表現在以下兩方面：
第一，起訴條件的證明方面，公益訴訟起訴人承擔的舉證責任重于傳統行政訴訟的起訴人。根據《人民檢察院提起公益訴訟試點工作實施辦法》第四十五條第二項、《人民法院審理人民檢察院提起公益訴訟案件試點工作實施辦法》第十二條的規定，公益訴訟起訴人除了要求符合傳統行政訴訟一般的起訴條件外，還必須提供另外兩方面的證據材料：（1）國家和社會公共利益受到侵害的初步證明材料；（2）人民檢察院履行訴前程式提出檢察建議且行政機關拒不糾正違法行為或者不履行法定職責的證據材料。該規定一方面可以通過發揮訴前程式的作用督促行政機關依法主動履行法定職責，維護國家和社會公共利益；另一方面可以防止因“濫訴”造成司法資源浪費，以及避免因此導致對行政的過度干預。
第二，在涉及目標“公益”與受損“公益”大小比較時，則要求被告應對被訴行政行為的合法性和合理性進行全面舉證。現實中行政行為對“公益”的損害既可能是因為不合法引起，也可能是因為合法但不合理引起。其中，前者可以通過對行政行為的合法性審查進行保護，後一種情形則難以只通過合法性審查進行救濟，特別是在某一合法行政行為意圖實現的“公益”小於因該合法的行政行為損害的“公益”時，只要求行政機關就合法性進行舉證不能實現維護“公益”的目的，此時必須要求行政機關就被訴行政行為的合法性和合理性進行全面舉證。
此外，因行政公益訴訟中起訴人不得提出行政賠償訴訟請求，有關行政賠償訴訟中有關舉證責任的規定不予適用。因實踐中情況多樣，傳統行政訴訟中有關起訴期限舉證責任的規定，行政公益訴訟需要進一步細化難以一概適用。
而且因行政機關對案件證據的獨佔性控制，會造成絕大部分案件客觀上的舉證不能導致敗訴。因此，只有實行“舉證責任倒置”，才能真正有效地發揮行政公益訴訟制度維護國家和社會公共利益以及促進行政機關依法行政嚴格執法的雙重功能，實現其應然價值，否則只能作為一種宣示性制度而存在。行政公益訴訟舉證責任的具體分配
雖然行政公益訴訟因其本質上屬於行政訴訟而應當遵循“舉證責任倒置”原則，但行政公益訴訟畢竟是不同于傳統行政訴訟的一種新型行政訴訟模式，其在舉證責任的具體分配上與傳統的行政訴訟既有相同之處也有著特殊的規則。
就行政公益訴訟與傳統行政訴訟舉證責任具體分配的相同之處而言，總體上起訴人都應當就符合起訴條件等有關程式性的事實負舉證責任，被告應當就被訴行政行為的合法性承擔舉證責任。詳言之，根據行政訴訟法第四十九條、《關於行政訴訟證據若干問題的規定》第四條及《人民檢察院提起公益訴訟試點工作實施辦法》第四十五條第一項的規定，起訴人應當提供符合起訴條件的證據材料主要包括以下內容：（1）證明起訴人是適格的起訴主體的證據材料；（2）證明被訴行政行為存在的證據材料；（3）符合其他起訴條件的證據材料，如法定覆議前置案件應提供經過覆議的證明材料；（4）在不屬於被告應當依職權主動履行法定職責和原告因正當理由不能提供證據的情形下，起訴被告不作為原告應提供其向被告提出申請的證據。根據行政訴訟法第三十四條、《關於行政訴訟證據若干問題的規定》第一條第一款的規定，被告應當提供作出被訴行政行為的全部證據和所依據的規範性檔，主要包括以下內容：（1）有關被告職權依據的證據材料；（2）有關被訴行政行為程式方面的證據材料；（3）有關被訴行政行為所認定事實的證據材料；（4）作出被訴行政行為所依據的規範性檔。
行政公益訴訟區別于傳統行政訴訟舉證責任具體分配的特殊規則主要表現在以下兩方面：
第一，起訴條件的證明方面，公益訴訟起訴人承擔的舉證責任重于傳統行政訴訟的起訴人。根據《人民檢察院提起公益訴訟試點工作實施辦法》第四十五條第二項、《人民法院審理人民檢察院提起公益訴訟案件試點工作實施辦法》第十二條的規定，公益訴訟起訴人除了要求符合傳統行政訴訟一般的起訴條件外，還必須提供另外兩方面的證據材料：（1）國家和社會公共利益受到侵害的初步證明材料；（2）人民檢察院履行訴前程式提出檢察建議且行政機關拒不糾正違法行為或者不履行法定職責的證據材料。該規定一方面可以通過發揮訴前程式的作用督促行政機關依法主動履行法定職責，維護國家和社會公共利益；另一方面可以防止因“濫訴”造成司法資源浪費，以及避免因此導致對行政的過度干預。
第二，在涉及目標“公益”與受損“公益”大小比較時，則要求被告應對被訴行政行為的合法性和合理性進行全面舉證。現實中行政行為對“公益”的損害既可能是因為不合法引起，也可能是因為合法但不合理引起。其中，前者可以通過對行政行為的合法性審查進行保護，後一種情形則難以只通過合法性審查進行救濟，特別是在某一合法行政行為意圖實現的“公益”小於因該合法的行政行為損害的“公益”時，只要求行政機關就合法性進行舉證不能實現維護“公益”的目的，此時必須要求行政機關就被訴行政行為的合法性和合理性進行全面舉證。
此外，因行政公益訴訟中起訴人不得提出行政賠償訴訟請求，有關行政賠償訴訟中有關舉證責任的規定不予適用。因實踐中情況多樣，傳統行政訴訟中有關起訴期限舉證責任的規定，行政公益訴訟需要進一步細化難以一概適用。