鄭成功收復臺灣後， 以臺灣作為東都， 將荷蘭殖民者修築的赤嵌樓改名為承天府， 改熱蘭遮城堡為安平鎮， 北部設天興縣， 南部設萬年縣， 並在澎湖島設安撫司， 戍以重兵， 完成一府二縣一安撫司的行政規劃。 很快， 鄭成功在整個臺灣建立了同祖國大陸一樣的郡縣制度， 建立了行政機構。
鄭成功以臺灣為明王朝的復興基地， 並未僭越稱帝， 僅停留於“藩主”的地位。 荷蘭統治即將結束時， 臺灣的人口包括土著居民與移民共約10萬有餘， 其中移民據推測有2萬餘人。 鄭成功的大軍及其家屬約3萬， 可以說是內地向臺灣的最集中的一次集體移民。
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鄭成功沒有閒情欣賞“喬木倚山望流泉”， 相反由於人口激增， 軍隊面臨缺糧無米下鍋的窘境， 為此， 一向治軍嚴厲的鄭成功處死怠忽職守的管糧官員， 以維持軍心。 另一方面設法在本島解決缺糧的燃眉之急。 鄭成功將荷蘭東印度公司所有的“王田”沒收， 移作新政權所有的“官田”。 此外， 對承天府與安平鎮以及天興縣與萬年縣的文武官員， 除了配給建官舍及兵舍所需之用地外， 並按家屬的多寡准許其取得必要的土地， 稱為“私田”或“文武官田”。 至於駐在各地的部隊， 在不侵犯少數民族與移民所有土地的條件下， 准予開墾土地， 稱之為“營盤田”(屯田)。 因而以南部為中心的農地開墾迅速擴大起來，
當時， 臺灣的少數民族在荷蘭殖民者奴役下， 生活十分貧困， 生產極端落後。 鄭成功在那裡推廣了大陸先進的農業生產技術， 從此， 少數民族也同大陸漢民一樣， 使用牛耕和鐵犁種田。
1662年6月， 鄭成功病中第二次派人去金、廈， 命令當地將官殺死鄭經等家人， 眾將為難， 最終再次抗命。 此前世子鄭經無行， 種下亂倫的淫果。 據清人《閩海紀要》記載：
他又外感風寒， 病勢日重， 但他仍強振餘威， 登上將台， 手持望遠鏡， 遠望澎湖， 是否有船隻到來。 文武百官入謁時， 他依舊端坐床上，
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就這樣， 鄭成功反清複明的壯志未酬， 結束了充滿波折的生涯， 享年38歲。 他的死因有多種說法， 最可信也是最籠統的說法是：鄭成功在短短的3個月之內經歷了許多讓其氣塞胸膛、怒不可遏的大事：供奉的旗號和精神支柱——南明永曆帝在雲南被吳三桂殺害;降清的父親、叔叔及幾位弟弟等族人被清廷斬殺， 祖墳被掘;鄭經無行，
需要特別指出的一個細節， 鄭成功收復臺灣後， 曾派人出使呂宋(今馬尼拉)， 致函西班牙總督， 要求其承認大肆屠殺華人的過錯， 並要求對方納貢、通行貿易。 信函中的言詞很強硬， 理解成戰爭檄文也不為過。