進化論是歷史上最著名的科學理論之一,它解釋了物種是如何隨著時間而進化的， 也解釋了人類如何變得如此聰明， 為什麼長頸鹿如此高， 細菌是如何變得耐藥的。 今天， 進化理論不斷發展， 成為了生物學的關鍵性理論支柱之一， 然而它仍然是科學領域被誤解最多的一個理論,特別是引起了神創論者的不斷攻擊。
達爾文發表《物種起源》說後， 引起了不小的非議。 一次宴會上， 達爾文遇上了一位美貌的女士。 女士氣衝衝地質疑達爾文：“達爾文先生， 聽你說， 人類是猴子變來的， 我也是從猴子進化來的嗎？”達爾文風趣地回答到：“當然不是， 你是由長得非常迷人的猴子變來的。 ”
這是一個流傳得非常久的故事， 許多人錯誤地就此以為進化論者認為人類是從猴子進化而來的， 並提出質疑， 如果人類是從猴子進化而來的， 為什麼不是所有的猴子都進化成了人類？
事實上,這個風趣幽默的故事可能純屬杜撰。 以達爾文為代表的進化論者認為人類與猴子的關係更像是表親關係， 而非祖父的關係。 在親緣關係上,人類與猿的關係更密切。
雖然人們習慣性把猿猴並稱,但實際上猿和猴子是兩個不同的物種。 現代猴子被分成新世界猴及舊世界猴， 這兩種猴子跟猿都是不同的物種,猿被分成長臂猿科和大猿， 大猿包括猩猩、大猩猩、黑猩猩和人屬四種。 所以， 我們一定不是從猴子進化過來的。 那麼,我們會是從像猩猩這樣的大猿類進化而來的嗎？
我們和其他的大猿類有許多相同的遺傳特質,比如黑猩猩、倭黑猩猩（黑猩猩屬下的兩種動物之一）和猩猩、大猩猩， 它們在親緣關係上，
如果你再追溯， 你就會發現時間再久遠點， 在猿、猴之間， 在所有靈長類動物， 和所有的動物之間都會有一個共同的祖先。 進化樹的每一個分支都持續進化， 產生不同形狀、大小和顏色的新的物種。
所以， 人類既不是從猴子進化而來,也不是從大猩猩這些猿類進化而來。 我們和這些物種在進化歷史上有交叉， 有共同的祖先， 但彼此之間並不是祖父的關係。
通常， 進化要幾百萬年的時間， 即使窮其一生， 我們也別指望著能看到像恐龍變成鳥那樣巨大的物種變化。 之所以很難追溯物種進化， 一個原因是需要經歷很多代的基因變異累積後， 物種才會有明顯的改變， 如果一個動物的壽命很長， 我們很難觀測到它們的進化轉變， 但這不意味著我們沒法即時地見證一個物種的進化過程。
在工業革命期間,英國的環境發生了巨變，
但很快， 煙塵使得樺樹變黑， 深色翅膀的樺尺蠖這時反而有優勢了， 深色的樺尺蠖數量就增長起來了， 因為它們能更好地存活起來， 並將優勢的遺傳特質傳遞給後代。 到1895年， 英國重工業區， 比如曼徹斯特附近的黑蛾所占的比例激增到接近100%， 而在非工業化地區， 灰斑蛾仍然占絕對優勢。
現在， 由於人類對環境的影響越來越大， 類似的物種快速進化的例子非常多。比如，研究者觀察到，由於人類喜歡捕殺大的冠軍魚，一旦被捕殺，冠軍魚就喪失了繁衍的機會，所以它們進化出較小的體型。這些例子都說明，物種進化不僅確實存在，而且我們還可以親自見證。
有些人認為如果進化論可以解釋生命是如何隨著時間而改變的，它一定能解釋生命是如何起源的。進化論確實可以解釋清楚為什麼生命是它現在的樣子，以及為了適應環境，生命是如何隨著時間的變化而發生改變，但進化論並沒有聲稱可以解釋生命是如何起源的。
進化論為我們找到了地球上所有生物的最後的共同祖先：露卡。這是一種生活在30億年或40億年前海底火山口附近的原胞，隨後這種原胞分化出細菌和古細菌，演化成各種生命。今天研究已經發現在所有現代生物中廣泛分佈有355個共同的基因，並確定至少其中的100個基因來自露卡。此外，進化論還可以為我們提供一些線索，比如生命的起源需要什麼，但這個謎題現在還沒完全揭開。
由於物競天擇,一些人可能會以為每個生物都有一個終極的進化目標，那就是比其他生物更好、更強壯。實際上，進化根本沒有目標。
進化是由於基因變異驅動,基因變異的概率是非常隨機的。隨後，生物所處的環境將會決定哪些變異是有用的，這些有用基因會傳遞給下一代，另外一些基因變異會讓生物生存更加艱難。所以，自然選擇挑選出特定的變異，並淘汰另外一些變異。至於生物的哪些基因會突變而進化，這是一個偶然性事件。
此外，生物進化的道路，像科學實驗一樣，充滿了錯誤和歧途，所以，進化的結果並不一定就是非常完美的。
比如，人類身體是進化的產物，但我們知道，現在人類身體器官，依然有許多設計缺陷。舉個例子，人類的視網膜是倒置的，其上佈滿了背向眼睛前端的感光細胞，形成了生理盲點。這種眼睛結構並不是一個完美的眼睛結構安排。許多動物的眼睛進化得都比人類要完善，比如頭足綱動物擁有相似的眼睛，有著一個朝前的視網膜，使得他們的視野沒有盲區。貓——典型的夜間捕食者，還進化出了反射層，大大增強了眼睛對光的捕捉能力。
人的眼睛是一個神奇的結構，它能夠探查任何地方小到幾個光子，大到直射的陽光，能很快將焦點從你面前的螢幕切換到遙遠的地平線上。事實上，由於眼睛如此靈巧，其結構一度認為是非常複雜的，以至於達爾文意識到眼睛進化的程度高得離譜，而一些人甚至聲稱眼睛是神靈賜予的。
但現在，科學家們將現有動物的各種各樣的眼睛從簡單到複雜排列在一起後，推導出了眼睛進化的複雜過程。
最開始，眼睛只是一個簡單的感光點，分佈在一個平面上，它們只能感覺到黑暗和光明，隨後，這個感光點凹陷成一個水杯的形狀，這種結構將能更好地感知入射光線的方向。
然後，在幾千年中,這種杯狀感光體變得凹陷，前端的開口處變得越來越小，變化的結果類似於針孔效應，使得解析度極大地提高，並只讓一束細光能夠射入眼睛，以此來降低失真率。一層透明的細胞會覆蓋這個“針孔”以防感染，此時，眼睛內部將會填充液體，以優化光敏度和對光的處理。
這些液體內部的蛋白質結晶使得晶狀體得以形成。針孔攝像頭以及晶狀體的結構，是最終進化為人眼的基礎。隨後，虹膜、鞏膜、淚腺等進化出來。而同等重要的是，伴隨眼睛一同進化的大腦，用其不斷擴大的視覺皮層來加工它所接收到的更清晰更多彩的圖像。
眼睛進化出的這些特徵，如果使生物能適應環境，並能更好地躲避捕食者或者狩獵，將會予以保留，在許多代後，眼睛的形狀最終得以固定。
如果在兩個世系之間的生物中，有過渡化石能證明這兩個物種的演化關係，當然是進化論最好的證明，但化石非常稀少。在所有現在瀕臨滅絕的哺乳動物中，考古學家只發現了它們9%的化石。
沒有過渡型的化石,並不能說明中間物種沒有出現。因為生物死後，並不總是會形成化石，即使那些體型龐大，容易成為化石的動物,化石形成也依賴於它們是如何死的，在哪裡死的。比如，如果一隻猛獸死在叢林裡，其他生物會很快地分解動物屍體，消除掉屍體的所有痕跡，由於這些原因，化石記錄的斷裂難以避免。
當然，現在一些新的過渡型化石不斷被發現，這些發現證實了進化理論。拿馬來說，今天的馬為奇蹄目動物，只有一趾，但它們的祖先一隻腳上有多個趾頭，這些新化石的發現闡釋了在長期的演化過程中馬其餘的趾是如何退化，最後只剩中趾，並進化為蹄的。
適者生存是進化發生的唯一途徑嗎？
隨機的基因變異可以使得一些個體變得稍微不同於其他個體，造成遺傳變異。那些有著更多能適應環境的遺傳特質的動物生存和繁殖的成功率更大，它們會將優勢基因傳遞給下一代，反之，那些沒法適應環境的物種將會被淘汰，這個過程，叫做自然選擇，是達爾文的著名論點，但它不是物種進化的唯一方式。
在進化論中，還有另外一種重要的機制叫做遺傳漂變，在這種情況下，當一個族群中的生物個體的數量較少時，下一代的個體容易因為有的個體沒有產生後代，或是有的等位基因（在DNA相同的位置上，控制相對性狀的一對基因）沒有傳給後代，使得這個等位基因在之後的族群中徹底消失。這個物種基因變化過程不是由於突變、自然選擇等因素引起的，而是在遺傳過程中把基因弄丟了。
類似的物種快速進化的例子非常多。比如，研究者觀察到，由於人類喜歡捕殺大的冠軍魚，一旦被捕殺，冠軍魚就喪失了繁衍的機會，所以它們進化出較小的體型。這些例子都說明，物種進化不僅確實存在，而且我們還可以親自見證。
有些人認為如果進化論可以解釋生命是如何隨著時間而改變的，它一定能解釋生命是如何起源的。進化論確實可以解釋清楚為什麼生命是它現在的樣子，以及為了適應環境，生命是如何隨著時間的變化而發生改變，但進化論並沒有聲稱可以解釋生命是如何起源的。
進化論為我們找到了地球上所有生物的最後的共同祖先：露卡。這是一種生活在30億年或40億年前海底火山口附近的原胞，隨後這種原胞分化出細菌和古細菌，演化成各種生命。今天研究已經發現在所有現代生物中廣泛分佈有355個共同的基因，並確定至少其中的100個基因來自露卡。此外，進化論還可以為我們提供一些線索，比如生命的起源需要什麼，但這個謎題現在還沒完全揭開。
由於物競天擇,一些人可能會以為每個生物都有一個終極的進化目標，那就是比其他生物更好、更強壯。實際上，進化根本沒有目標。
進化是由於基因變異驅動,基因變異的概率是非常隨機的。隨後，生物所處的環境將會決定哪些變異是有用的，這些有用基因會傳遞給下一代，另外一些基因變異會讓生物生存更加艱難。所以，自然選擇挑選出特定的變異，並淘汰另外一些變異。至於生物的哪些基因會突變而進化，這是一個偶然性事件。
此外，生物進化的道路，像科學實驗一樣，充滿了錯誤和歧途，所以，進化的結果並不一定就是非常完美的。
比如，人類身體是進化的產物，但我們知道，現在人類身體器官，依然有許多設計缺陷。舉個例子，人類的視網膜是倒置的，其上佈滿了背向眼睛前端的感光細胞，形成了生理盲點。這種眼睛結構並不是一個完美的眼睛結構安排。許多動物的眼睛進化得都比人類要完善，比如頭足綱動物擁有相似的眼睛，有著一個朝前的視網膜，使得他們的視野沒有盲區。貓——典型的夜間捕食者，還進化出了反射層，大大增強了眼睛對光的捕捉能力。
人的眼睛是一個神奇的結構，它能夠探查任何地方小到幾個光子，大到直射的陽光，能很快將焦點從你面前的螢幕切換到遙遠的地平線上。事實上，由於眼睛如此靈巧，其結構一度認為是非常複雜的，以至於達爾文意識到眼睛進化的程度高得離譜，而一些人甚至聲稱眼睛是神靈賜予的。
但現在，科學家們將現有動物的各種各樣的眼睛從簡單到複雜排列在一起後，推導出了眼睛進化的複雜過程。
最開始，眼睛只是一個簡單的感光點，分佈在一個平面上，它們只能感覺到黑暗和光明，隨後，這個感光點凹陷成一個水杯的形狀，這種結構將能更好地感知入射光線的方向。
然後，在幾千年中,這種杯狀感光體變得凹陷，前端的開口處變得越來越小，變化的結果類似於針孔效應，使得解析度極大地提高，並只讓一束細光能夠射入眼睛，以此來降低失真率。一層透明的細胞會覆蓋這個“針孔”以防感染，此時，眼睛內部將會填充液體，以優化光敏度和對光的處理。
這些液體內部的蛋白質結晶使得晶狀體得以形成。針孔攝像頭以及晶狀體的結構，是最終進化為人眼的基礎。隨後，虹膜、鞏膜、淚腺等進化出來。而同等重要的是，伴隨眼睛一同進化的大腦，用其不斷擴大的視覺皮層來加工它所接收到的更清晰更多彩的圖像。
眼睛進化出的這些特徵，如果使生物能適應環境，並能更好地躲避捕食者或者狩獵，將會予以保留，在許多代後，眼睛的形狀最終得以固定。
如果在兩個世系之間的生物中，有過渡化石能證明這兩個物種的演化關係，當然是進化論最好的證明，但化石非常稀少。在所有現在瀕臨滅絕的哺乳動物中，考古學家只發現了它們9%的化石。
沒有過渡型的化石,並不能說明中間物種沒有出現。因為生物死後，並不總是會形成化石，即使那些體型龐大，容易成為化石的動物,化石形成也依賴於它們是如何死的，在哪裡死的。比如，如果一隻猛獸死在叢林裡，其他生物會很快地分解動物屍體，消除掉屍體的所有痕跡，由於這些原因，化石記錄的斷裂難以避免。
當然，現在一些新的過渡型化石不斷被發現，這些發現證實了進化理論。拿馬來說，今天的馬為奇蹄目動物，只有一趾，但它們的祖先一隻腳上有多個趾頭，這些新化石的發現闡釋了在長期的演化過程中馬其餘的趾是如何退化，最後只剩中趾，並進化為蹄的。
適者生存是進化發生的唯一途徑嗎？
隨機的基因變異可以使得一些個體變得稍微不同於其他個體，造成遺傳變異。那些有著更多能適應環境的遺傳特質的動物生存和繁殖的成功率更大，它們會將優勢基因傳遞給下一代，反之，那些沒法適應環境的物種將會被淘汰，這個過程，叫做自然選擇，是達爾文的著名論點，但它不是物種進化的唯一方式。
在進化論中，還有另外一種重要的機制叫做遺傳漂變，在這種情況下，當一個族群中的生物個體的數量較少時，下一代的個體容易因為有的個體沒有產生後代，或是有的等位基因（在DNA相同的位置上，控制相對性狀的一對基因）沒有傳給後代，使得這個等位基因在之後的族群中徹底消失。這個物種基因變化過程不是由於突變、自然選擇等因素引起的，而是在遺傳過程中把基因弄丟了。