中日實現邦交正常化至今的道路並不平坦。 20世紀90年代前期， 中日雙方儘管在臺灣問題、歷史問題、領土問題等方面產生過一些矛盾和摩擦， 但本著和平友好條約的原則精神處理重大問題， 友好合作仍是兩國關係的主流。
今天的中日兩國關係仍在變化、發展過程中。 儘管日本並不希望看到中國逐步超越自己， 但最終也只能接受這一客觀現實。
在國際局勢急劇變化背景下， 中國的快速崛起與日本爭奪地區主導權的戰略目標迎頭相撞， 歷史認識問題、釣魚島及海洋權益衝突、臺灣問題等矛盾鬥爭疊加在一起，
1972年9月29日， 《中華人民共和國政府和日本國政府聯合聲明》簽字儀式在北京人民大會堂隆重舉行。
其中“日本方面痛感日本國過去由於戰爭給中國人民造成的重大損害的責任，
日本國政府充分理解和尊重中國政府的這一立場， 並堅持遵循波茨坦公告第八條的立場”等內容， 直指困擾今天兩國關係三大問題中的兩個——“歷史認識問題”和“臺灣問題”， 而複交談判中以“擱置爭議”的默契方式處理的“釣魚島問題”， 更是當前兩國矛盾的焦點。
（一）至今橫亙中日之間的歷史認識問題
總體上講， 從1972年實現邦交正常化到20世紀90年代中期， 中日雙方儘管在臺灣問題、 歷史問題、領土問題等方面產生過一些矛盾和摩擦， 但以日本對華政府開發援助（ODA）和急速發展的經貿合作勢頭為背景， 兩國關係經受住了國際形勢和各自國內政局變化的考驗， 各領域的交流與合作都達到空前高度。 但是， 到了90年代中期以後， 日本政治右傾化加劇。
1995年， 日本自民黨歷史研究委員會出版《大東亞戰爭的總結》， 對日本的侵略歷史進行全面、系統的翻案。
1996年， 橋本龍太郎以現任首相的公職身份參拜了靖國神社，
1998年， 日本上映為甲級戰犯東條英機翻案的電影《自尊——命運的瞬間》， 公然為其鳴冤叫屈。 進入新世紀後， 日本總體保守化加快。
2001年， “新編歷史教科書編撰會”編寫了歪曲歷史、美化侵略的教科書， 並開始在部分學校使用。 同年， 小泉純一郎上臺， 更變本加厲地每年到靖國神社祭拜戰爭罪犯亡靈。
日本右翼甚至公然叫囂：“參拜靖國神社是大和民族歷史文化傳統， 政治人物參拜與否是日本的內政， 其他國家無權干涉”， “日本要有獨立的立場， 不能讓中國牽著鼻子走”。
2012年安倍晉三第二次上臺執政後， 在歷史認識問題上不僅不肯真誠反省道歉，
2015年夏季， 隨著日本戰敗日臨近， 安倍政府在準備“安倍談話”時， 抱定了“只表示反省卻不再道歉”的錯誤思路， 不斷試探中韓“日本最起碼講到哪一點， 你們才能認可和接受？才能忘掉過去的歷史？”
時至今日，日本首相參拜靖國神社與日本還要不要向戰爭受害國反省道歉，依然是影響中日關係發展的兩個標誌性問題。
關於前者，中國人民永遠無法接受日本首相以公職身份參拜靖國神社。畢竟，那裡供奉著雙手沾滿中國人民鮮血的各級戰爭罪犯，這些人或者曾在中國多次屠城虐殺平民百姓，或者違反戰爭法展開施放毒氣的化學戰，或者用戰俘甚至抓來的無辜平民做活體解剖實驗，這些喪盡天良的劊子手是永遠不會得到戰爭受害國寬恕的人類公敵。所謂首相參拜是“文化傳統”、“信仰自由”或“國民意志”的說辭，也完全站不住腳。
至於對侵略戰爭的反省和道歉，表面上看“已經向中國方面做過多次道歉”，但由於首相參拜靖國神社，以及右翼政治勢力驅使右派政治家不斷發出歪曲歷史事實的狂言和妄語，日方出於外交需要所做的反省與道歉就只能“歸零”。更何況日本政府極力回避以正式檔形式向戰爭受害國道歉。
各種研究清楚地表明，圍繞侵略戰爭，中日兩大民族之間真正意義的“民族和解”，即草根層面的寬恕、諒解還遠未形成。倘若安倍首相真的為日本民族著想，真的希望對華關係轉暖，就應當在這一類問題上謹言慎行。
（二）事關“一個中國”原則立場的臺灣問題
1972年實現的中日關係正常化，是我國領導人出於高度的戰略謀劃和政治判斷，捐棄前嫌，以寬廣的胸懷與日本達成的和解。其中關於邦交正常化後如何處理臺灣問題，雙方也形成了重要原則立場。
1972年4月13日，中日友協代表團與到訪北京的日本民社黨代表團發表了聯合聲明，提出了實現中日邦交正常化的三原則。
即：(1)中華人民共和國是代表中國的唯一合法政府；(2)臺灣是中華人民共和國領土不可分割的一部分；(3)“日台條約”是非法的、無效的，應予以廢除。
然而，冷戰結束後，中日關係中的臺灣問題日益複雜，到了安倍第二次執政期間，日本支持台獨的政治勢力蠢蠢欲動，尤其是蔡英文上臺執政後，日台關係有發生實質性提升的趨向。
2016年底，日本在臺灣的官方視窗“公益財團法人交流協會”在其臉書及官方網站同步宣佈，將從2017年1月1日起更名為“公益財團法人日本臺灣交流協會”，並表示，今後將繼續“扮演日台間之橋樑，盡心竭力使日台關係更上層樓”。
（三）複交談判中的釣魚島主權爭端問題
釣魚島自古以來就是中國的固有領土，中國對其擁有無可爭辯的主權。20世紀70年代，中日在實現邦交正常化和締結和平友好條約時，兩國老一輩領導人著眼兩國關係大局，就將“釣魚島問題放一放，留待以後解決”達成諒解和共識，但這絕不意味著中國在複交努力過程中放棄過維護領土主權及海洋權益的努力。
據張香山回憶，雖然在中日聯合聲明中沒有明確約定釣魚島問題，但這個問題在1972年9月27日第三次首腦會談快要結束時由田中首相首先談起。
田中說：我還想說一句話，我對貴方的寬大態度很感謝。借這個機會我想問一下貴方對“尖閣列島”的態度如何？
周總理回答說：這個問題這次不想談，現在談沒有好處。
田中堅持說：既然我到了北京，不提一下，回去會遇到一些困難。現在我提了一下，就可以向他們交代了。
周總理於是說：對！就因為那裡海底發現了石油，臺灣拿它大做文章，現在美國也要做這個文章，把這個問題搞得很大。
看到中方沒有深入追究這一問題，田中立刻表示：好！不需要再談了，以後再說。
周總理再次強調：以後再說。這次我們把能解決的基本問題，比如兩國關係正常化問題先解決。這是最迫切的問題。有些問題要等到時間推移後再來談。
於是，田中近似於表態地說，一旦邦交正常化，我相信其他問題是能夠解決的，實際上是認同了中方關於“擱置”釣魚島問題的主張。
二、現實狀態是中日國力對比在持續變化為了扭轉中日關係因日本政治領域的錯誤認識與錯誤行為造成的扭曲局面，中國領導人親力親為，主動開展對日工作。
2014年11月，中日雙方就處理和改善兩國關係達成“四點原則共識”，習近平主席應約會見了安倍晉三首相。此後，兩國領導人先後在北京和雅加達、杭州、漢堡舉行會見，努力使兩國關係從前幾年的困難局面向正常軌道回歸。
2016年5月23日，習近平主席在北京出席中日友好交流大會並發表重要講話，指出中日友好的根基在民間，中日關係前途掌握在兩國人民手裡，只要中日兩國人民真誠友好、以德為鄰，就一定能實現世代友好。
最近，中日關係出現了改善的新跡象，從事日本研究與中日關係研究的專家學者對此提出了見智見仁的分析。
“樂觀派”希望順勢而為，加快推進中日關係早日回歸正常軌道；
“謹慎派”則強調安倍領導的自民黨的本質沒有變化，日本政府的對華戰略並沒有發生轉變，不過是為了某種現實目的做一點政策性、手段意義的調整而已。
（中國社會科學院日本研究所高洪、吳限在《日本學刊》2017年第5期發表《中日關係的既往、現實與未來——紀念中日邦交正常化45周年》（全文約1.3萬字）。本文有所刪減。）
時至今日，日本首相參拜靖國神社與日本還要不要向戰爭受害國反省道歉，依然是影響中日關係發展的兩個標誌性問題。
關於前者，中國人民永遠無法接受日本首相以公職身份參拜靖國神社。畢竟，那裡供奉著雙手沾滿中國人民鮮血的各級戰爭罪犯，這些人或者曾在中國多次屠城虐殺平民百姓，或者違反戰爭法展開施放毒氣的化學戰，或者用戰俘甚至抓來的無辜平民做活體解剖實驗，這些喪盡天良的劊子手是永遠不會得到戰爭受害國寬恕的人類公敵。所謂首相參拜是“文化傳統”、“信仰自由”或“國民意志”的說辭，也完全站不住腳。
至於對侵略戰爭的反省和道歉，表面上看“已經向中國方面做過多次道歉”，但由於首相參拜靖國神社，以及右翼政治勢力驅使右派政治家不斷發出歪曲歷史事實的狂言和妄語，日方出於外交需要所做的反省與道歉就只能“歸零”。更何況日本政府極力回避以正式檔形式向戰爭受害國道歉。
各種研究清楚地表明，圍繞侵略戰爭，中日兩大民族之間真正意義的“民族和解”，即草根層面的寬恕、諒解還遠未形成。倘若安倍首相真的為日本民族著想，真的希望對華關係轉暖，就應當在這一類問題上謹言慎行。
（二）事關“一個中國”原則立場的臺灣問題
1972年實現的中日關係正常化，是我國領導人出於高度的戰略謀劃和政治判斷，捐棄前嫌，以寬廣的胸懷與日本達成的和解。其中關於邦交正常化後如何處理臺灣問題，雙方也形成了重要原則立場。
1972年4月13日，中日友協代表團與到訪北京的日本民社黨代表團發表了聯合聲明，提出了實現中日邦交正常化的三原則。
即：(1)中華人民共和國是代表中國的唯一合法政府；(2)臺灣是中華人民共和國領土不可分割的一部分；(3)“日台條約”是非法的、無效的，應予以廢除。
然而，冷戰結束後，中日關係中的臺灣問題日益複雜，到了安倍第二次執政期間，日本支持台獨的政治勢力蠢蠢欲動，尤其是蔡英文上臺執政後，日台關係有發生實質性提升的趨向。
2016年底，日本在臺灣的官方視窗“公益財團法人交流協會”在其臉書及官方網站同步宣佈，將從2017年1月1日起更名為“公益財團法人日本臺灣交流協會”，並表示，今後將繼續“扮演日台間之橋樑，盡心竭力使日台關係更上層樓”。
（三）複交談判中的釣魚島主權爭端問題
釣魚島自古以來就是中國的固有領土，中國對其擁有無可爭辯的主權。20世紀70年代，中日在實現邦交正常化和締結和平友好條約時，兩國老一輩領導人著眼兩國關係大局，就將“釣魚島問題放一放，留待以後解決”達成諒解和共識，但這絕不意味著中國在複交努力過程中放棄過維護領土主權及海洋權益的努力。
據張香山回憶，雖然在中日聯合聲明中沒有明確約定釣魚島問題，但這個問題在1972年9月27日第三次首腦會談快要結束時由田中首相首先談起。
田中說：我還想說一句話，我對貴方的寬大態度很感謝。借這個機會我想問一下貴方對“尖閣列島”的態度如何？
周總理回答說：這個問題這次不想談，現在談沒有好處。
田中堅持說：既然我到了北京，不提一下，回去會遇到一些困難。現在我提了一下，就可以向他們交代了。
周總理於是說：對！就因為那裡海底發現了石油，臺灣拿它大做文章，現在美國也要做這個文章，把這個問題搞得很大。
看到中方沒有深入追究這一問題，田中立刻表示：好！不需要再談了，以後再說。
周總理再次強調：以後再說。這次我們把能解決的基本問題，比如兩國關係正常化問題先解決。這是最迫切的問題。有些問題要等到時間推移後再來談。
於是，田中近似於表態地說，一旦邦交正常化，我相信其他問題是能夠解決的，實際上是認同了中方關於“擱置”釣魚島問題的主張。
二、現實狀態是中日國力對比在持續變化為了扭轉中日關係因日本政治領域的錯誤認識與錯誤行為造成的扭曲局面，中國領導人親力親為，主動開展對日工作。
2014年11月，中日雙方就處理和改善兩國關係達成“四點原則共識”，習近平主席應約會見了安倍晉三首相。此後，兩國領導人先後在北京和雅加達、杭州、漢堡舉行會見，努力使兩國關係從前幾年的困難局面向正常軌道回歸。
2016年5月23日，習近平主席在北京出席中日友好交流大會並發表重要講話，指出中日友好的根基在民間，中日關係前途掌握在兩國人民手裡，只要中日兩國人民真誠友好、以德為鄰，就一定能實現世代友好。
最近，中日關係出現了改善的新跡象，從事日本研究與中日關係研究的專家學者對此提出了見智見仁的分析。
“樂觀派”希望順勢而為，加快推進中日關係早日回歸正常軌道；
“謹慎派”則強調安倍領導的自民黨的本質沒有變化，日本政府的對華戰略並沒有發生轉變，不過是為了某種現實目的做一點政策性、手段意義的調整而已。
（中國社會科學院日本研究所高洪、吳限在《日本學刊》2017年第5期發表《中日關係的既往、現實與未來——紀念中日邦交正常化45周年》（全文約1.3萬字）。本文有所刪減。）