臨床上治療黑色胎記的方法有許多，如冷凍、電凝、傳統鐳射、微波、放射治療、同位素治療、注射硬化劑或手術切除等等。具體選擇哪種方法最合適，需要根據胎記的類型、生長部位以及黑色胎記大小等因素決定。
1、藥物治療是選用特定的藥物，合作紫外線的作用，將臉上黑色胎記患者復原黑素氧化為黑素。但此種醫治的作用因人而異，這與患者的年紀，皮損部位，嚴峻程度以及肌膚型等有著重要的聯繫。一般孩童患者的病程短、面頸部皮損作用較好。
2、目前鐳射治療黑色胎記就是最佳的治療方法，不但治療過程安全，而且效果顯著。鐳射治療黑色胎記方法的原理是：鐳射儀器產生一束高強度的光束。利用鐳射能量令色素顆粒崩解汽化，再由身體吸收，色素隨之消退。由於某一波長的鐳射只被相應顏色的色素吸收，只有病變的細胞才吸收特定的鐳射，而正常的皮膚組織不受損傷，所以不會留下疤痕。
3、黑色胎記患者在選用特定的藥物醫治後，能夠依據醫生的主張配以長波紫外線或許是陽光照耀用來醫治臉上胎記。此醫治辦法的醫治機理尚清晰，據估測可能是促進了黑素細胞DNA的仿製，然後增加了黑素細胞的數量，或許是按捺了患者體內的反常自體免疫反響等，但有許多患者不宜用此法來醫治。