肛瘺不能自愈。不治療會反復發作直腸肛管周圍膿腫，因此必須手術治療。治療原則是將瘺管切開，形成敞開的創面，促使癒合。手術方式很多，手術應根據內口位置的高低、瘺管與肛門括約肌的關係來選擇。手術的關鍵是儘量減少肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁，同時避免肛瘺的復發。
1、瘺管切開術
是將瘺管全部切開開放，靠肉芽組織生長使傷口癒合的方法。適用於低位肛瘺，因瘺管在外括約肌深部以下，切開後只損傷外括約肌皮下部和淺部，不會出現術後肛門失禁。
2、掛線療法
是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘺的方法。此法還具有操作簡單、出血少、換藥方便，在橡皮筋脫落前不會發生皮膚切口黏合等優點。
3、肛瘺切除術
切開瘺管並將瘺管壁全部切除至健康組織，創面不予縫合；若創面較大，可部分縫合，部分敞開，填入油紗布，使創面由底向外生長至癒合。適用於低位單純性肛瘺。