因為抑鬱症自殺率高，危險性大，故在臨床診斷中，遵循抑鬱症優先診斷原則，即當患者既有抑鬱症狀，又有焦慮症狀時，如果抑鬱症狀足夠診斷抑鬱症，那麼不論其焦慮症狀有多重、是否符合焦慮症的診斷，都應先診斷為抑鬱症。只有當抑鬱症狀不足以診斷抑鬱症時，才觀察其是否符合焦慮症的診斷。
二者鑒別一般可以從以下幾方面入手：
起病年齡
焦慮症中的驚恐發作首發年齡18~35歲，平均27歲，一般不超過35歲。抑鬱症首發年齡無任何限制。
核心症狀
抑鬱症的核心症狀是心境低落、樂趣喪失、負罪感和自殺傾向。焦慮症的核心症狀是警覺性增高，驚嚇反應增強。
周邊症狀
抑鬱症患者心境低落，厭煩與人接觸，但不害怕突然發生的人際接觸，驚恐發作病人害怕突然發生的情境，怕社交，怕去公共場所。抑鬱症患者有明顯的行為阻滯，而焦慮症患者發作時坐立不安，罕見行為阻滯。抑鬱症患者對家人朋友冷淡，興趣降低或消失，而焦慮症患者興趣則保持正常。抑鬱症患者的睡眠障礙主要是早醒，而焦慮症患者的睡眠障礙則主要是入睡困難。
電休克治療
電休克治療對抑鬱症患者有效，但對焦慮症患者無效。