肛瘺是由於肛腸部位受到感染，由肛竇炎等炎症引起，由內而外發病。在發病初期，肛周部位可見膿包，叫做肛周膿腫，肛周膿腫破潰後，皮下組織形成纖維化的瘺管，就是肛瘺。 肛瘺形成是怎麼回事? 專家介紹，肛瘺的形成一般要經歷四個階段。
第一個階段：肛隱窩、肛門瓣感染發炎。開始僅限於局部的炎症，這時若未能及時治療，炎症會向肛門周圍蔓延。
第二個階段：炎症從局部的肛隱窩和肛門瓣開始，逐漸蔓延擴散，形成肛門直腸周圍炎。假如炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的組織間隙之中。
第三個階段：鑒於肛門直腸周圍組織間隙的抗病能力下降，便成為病菌入侵、擴散、積聚繁殖的地方，致使這裡的組織容易感染發炎，正不勝邪，而形成肛門直腸周圍膿腫。若肛門直腸膿腫在早期能夠處理得當，往往可使膿腫消散治癒，不遺留後遺症;如延誤早期的治療時機或處理不當，組織壞死膿液可順其局部間隙擴散，使病情加重複雜化，因此應儘早手術切開引流，使膿液排泄，控制炎症發展。
第四個階段：肛門直腸周圍膿腫自行破潰或經切開引流換藥處理後，膿腔雖逐漸縮小，但潰瘡卻久不收口，這時腔壁已形成結締組織增生的堅硬管道壁，中間遺留之空隙，這就是瘺道，膿液經常順從瘺道流出，反復感染，反復發作，經久不能自愈，而成為瘺管。