為對國家中醫臨床研究基地病種研究及臨床科研重大學術問題加強指導，國家中醫藥管理局專門成立了由中醫、中西醫結合和西醫知名專家組成的基地業務建設專家指導組，由王永炎院士擔任專家組組長，陳可冀、張伯禮院士擔任副組長。
專家指導組的主要職責是對國家中醫臨床研究基地建設專案的業務建設工作提供指導和諮詢、指導各基地完善和落實基地業務建設方案及病種研究方案，並提出相關意見和建議，以促進國家中醫臨床研究基地業務建設順利開展。
國家中醫藥管理局在通知中要求，各有關省級中醫藥管理部門及基地建設單位應積極支援專家指導組工作，積極主動聯繫專家指導組並創造條件彙報工作進展，聽取相關指導意見。