① 皮下或粘膜下肛瘺
a、皮下瘺，是指原發內口在肛竇，瘺管在肛門管皮膚下或肛門周圍皮膚下的淺在性肛瘺，外口距肛門很近。
b、粘膜下瘺，系指原發口在肛竇，瘺管在肛門管直腸粘膜下，皮膚外沒有開口。
② 內外括約肌間肛瘺
a、低位肌間瘺管：指內口在肛竇，瘺管穿至內外肛門括約肌間隙，穿過外肛門括約肌皮下部的肛瘺。而瘺管走向直，只有一個外口的，稱作單純性低位肌間瘺。而走向彎曲，有支管的稱為複雜性低位肌間瘺。
b、高位肌間瘺管：指內口在肛竇，瘺管至內外括約肌間向上發展的肛瘺。
③ 肛提肌下肛瘺
a、低位肌外瘺管：指內口在肛竇，瘺管穿過肛門外括約肌淺部的肛瘺。向一側坐骨間隙發展的稱為單純性低位肌外瘺。向兩側坐骨直腸間隙發展，形成像馬蹄鐵形狀，肛門兩側都有外口的稱為複雜性低位肌外瘺，又叫低位蹄鐵形肛瘺。
b、高位肌外瘺管：指內口在肛竇，瘺管穿過肛門外括約肌深部的肛瘺。向一側坐骨直腸間隙發展的稱為單純性高位肌外瘺，向二側坐骨直腸間隙發展的稱為複雜性高位肌外瘺，又叫高位蹄鐵形肛瘺。
④ 肛提肌上肛瘺 指內口在肛竇或齒狀線上方肛管直腸壁上，瘺管由肌間隙進入骨盆直腸間隙，穿過肛提肌的高位肛瘺。