有報導肛瘺手術後的復發率高達10%，而且有的還留下漏糞、漏液、肛門失禁、肛門狹窄的後遺症，那麼如何才能既手術根治好肛瘺使之不復發，又能避免發生這些後遺症呢？
要達到這個目的，必須做到以下幾點，這幾點就是肛瘺手術的基本原則：
1、徹底切除感染的肛隱窩，肛腺和肛腺導管，即正確找到和處理好內口，這是防止今後復發的關鍵。
2、保護肛門括約肌和肛管直腸環，否則，易導致肛門失禁的後遺症，給患者帶來新的痛苦。
3、用探針探查瘺道和內口時宜輕柔仔細，正確尋找到瘺道後徹底清除管壁內纖維組織、腐肉和壞死組織，絕對不能粗暴，用探針探出一條“假瘺道”，結果切除的是假瘺道，導致真實的瘺道得不到處理。
4、一般主張在肛瘺充分形成後（最好是肛門直腸周圍膿腫破潰或切排後二至三個月），作一次性根治術，以減少病人的痛苦和復發率。在急性膿腫期作根治切除術並非良策。
5、術後創面要注意保持引流通暢，避免假性或橋形癒合以免復發。