肛瘺是一種讓人產生恐懼感，而且坐臥難安的病症，肛瘺在病症初期往往不能夠引起患者的足夠重視，從導致病情越來越嚴重，從而變得一發不可收拾，肛瘺的治療時間是根據療法的不同來決定的，治療肛瘺無論是用什麼方法，都要本著安全、徹底的原則，因為肛瘺疾病比較容易復發，不管肛瘺的治療時間是多少，對於肛瘺治療一定要注意對症下藥。
肛瘺的手術方法有切開、掛線、切掛等療法，其目的都是切開瘺道、暴露創面，祛腐生肌，使新鮮的健康肉芽組織從基底部結實地生長，直至創口癒合為止。肛瘺手術治療時間一般來說，皮下肛瘺術後2周左右可治癒，單純性低位肛瘺，大約需3周左右的時間才能漸愈；少數高位性難治瘺，療程就相對更長一些。對創口恢復慢的患者，在膳食方面需合理調養，適當多食一些高蛋白飲食，同時要注意肛門局部鍛煉，以改善血液迴圈，加速肛瘺術後早日康復。肛瘺手術治療時間就很短了。
肛瘺的治療時間也包括縫線的時間，縫線鬆緊要適度是爭取癒合的重要條件。過松易有死腔引流不暢易感染，過緊易組織缺血、壞死，操作要精細，止血要嚴密。縫合層次多少，取決於切口的深淺，以不留死腔為度，便於癒合。我們多採用全層貫穿基底部縫合，較深者可採用褥式縫合，過深者我們體會以鉻制腸線縫合底部為好，因其刺激小，便於吸收。