一般認為肛瘺是肛門直腸周圍膿腫的後遺疾患，所以肛門直腸周圍膿腫是引起肛瘺的根本原因。膿腫破潰或切開後不能癒合，最終形成瘺管。肛瘺形成初期是以膿腫、炎症為主，炎症消退，瘺管逐漸形成，局部症狀逐漸減輕。
臨床上有這樣一些特點：
1、傷口不能癒合。
2、反復發作。
3、肛周破潰流濃，膿水不斷從外口流出，污染內褲。
膿液可沿肛門周圍間隙蔓延擴散，形成新膿腫，破潰後形成新的外口，肛瘺的治療目前多以手術切開為主，複雜性肛瘺還需輔以掛線療法，中醫還有中藥脫管等方法。但手術治療中一定要找准原發內口，對已感染形成的瘺管、支管和死腔，一定要找到，分別切開或切除。