肛瘺的治療原則需根據肛瘺發生的機理，以及肛瘺的解剖結構制訂有關。
①清除內口：手術時要找到原發的內口，並把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除乾淨，這是肛瘺治療的關鍵。
②處理好瘺管及支管、死腔：要把瘺管的管道、支管、死腔等清除乾淨，以免術後復發。
③保留肛管直腸環：肛瘺手術時，應明確診斷，查明內口及瘺管走向，保留肛管直腸環，以維持正常的肛門括約功能。
總之，在具體治療肛瘺手術操作中，一定要仔細尋找到內口，並防止切斷肛管直腸環。由於肛瘺不能自愈，必須手術治療。手術治療原則是將瘺管全部切開，必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸癒合。根據瘺管深淺、曲直，可選用掛線療法、肛瘺切開或切除術。