肛瘺的治療原則需根據肛裂發生的機理，以及肛瘺的解剖結構制訂。
1)保留肛管直腸環：肛瘺手術時，應明確診斷，查明內口及瘺管走向，保留肛管直腸環，以維持正常的肛門括約功能。
2)處理好瘺管及支管、死腔：要把瘺管的管道、支管、死腔等清除乾淨，以免術後復發。
3)清除內口：手術時要找到原發的內口，並把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除乾淨，這是肛瘺治療的關鍵。
總之，在具體手術操作中，一定要仔細尋找到內口，並防止切斷肛管直腸環。
肛瘺不能自愈，必須手術治療。手術治療原則是將瘺管全部切開，必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸癒合。根據瘺管深淺、曲直，可選用掛線療法、肛瘺切開或切除術。
肛瘺的保守療法，一般用於擇期手術患者，目的是為了減輕症狀和減少發作。
a.清潔肛門：每日用溫鹽水或高錳酸鉀1：10000的溶液坐浴1～2次。且要勤換內褲。
b.適當用藥：可適當使用黃連素、慶大黴素等抗生素口服，以控制炎症。也可適當使用藥膏等局部塗抹或中藥內服外用。
c.調理排便：保持大便通暢，防止腹瀉或便秘，以減少糞便對肛瘺內口的刺激。