灰指甲表現為病甲失去光澤，形成不成形的白色渾濁區，日後範圍擴大，甲質變軟、鬆脆，形成角蛋白碎屑，堆積於甲下，日久致甲變形、增厚、變脆、甲板翹起，甲板與甲床分離。受累指甲多少不一，輕者1～2個，重者20個甲全部受累。本病一般無自覺症狀，有時可併發甲溝炎。灰指甲臨床上可分為五型，代表侵犯甲的部位及程度。
白色淺表型 90%以上由須癬毛痹菌趾間變種所致。致病菌直接侵犯甲板表層，初起為直徑小於1mm的白色島嶼狀，漸擴大融合成白色雲霧狀渾濁區，表面平滑、界清，日久色澤變黃，表面凹凸不平或變形，質地鬆脆易破裂.此型由爺真菌只侵犯甲板上層，故外用藥治療一般有效。
遠端側位甲下型 臨床最多見，足部量易惑染.真菌最初侵犯甲的遠端、側緣，常伴有臨近皮膚的感染，如足癬，甲板的破壞以角化增生為主，表理為甲的色澤改變，質地鬆脆、厚度增加、與甲床分離。病程長者甲遠端嚴重蠶食，甲板缺失、鬆脆，可見甲床上角質增生增厚。
近端甲下型 主要見於念珠菌性灰指甲，常伴甲溝炎，多發於手指，感染始於甲溝近靖或甲側皺襞、甲表皮護膜，並侵入近端甲板，沿近端甲下面和甲上皮發展，甲板無明顯角化過度，可表理為白瑾.橫溝、縱脊、點狀凹陷、甲變脆、甲分離，呈營養不良樣外觀。
甲板內型 真菌侵犯甲板全層，但不再向下發展，形成白色、灰白色或淺黃色，可高低不平，但很少缺失，無甲下角化過度或甲分離.多由蘇丹毛癬菌和紫色毛癬圜引起.