原發性肝癌發病隱匿，早期多無典型症狀，臨床就診者多為中晚期患者，更提示了早期診斷、早期治療的重要性。中晚期患者表現的主要特徵有肝區疼痛、消化道症狀、乏力消瘦、發熱和出血傾向五大症候群。還有體征如肝臟腫大、腹部腫塊、黃疸、腹水等。
右上腹疼痛
就診時有半數以上的患者肝區疼痛，常呈持續性脹痛或鈍痛，多為肝癌逐漸長大，包膜牽拉所致。若發生于肝臟左葉則較早的出現中上腹脹疼痛，侵及橫膈膜，可牽涉右肩痛，肝臟表面癌結節破裂時，可突然引起劇痛，進而蔓延全腹，出現腹膜炎的症狀與體征。
消化道症狀
納差、噁心、腹脹及腹瀉為常見症狀。納差多為肝功能損害，腫瘤壓迫胃腸道等所致。腹脹因腫瘤巨大、腹水、肝功能損害障礙而引起，乏力消瘦可因肝癌的代謝產物與進食減少所致。
出血傾向
出血傾向常見鼻出血、牙齦出血、皮下淤斑等。肝癌逐漸增大，有功能的肝細胞逐漸減少，導致肝功能失代償，或合併肝硬化、凝血機制障礙，或晚期腫瘤併發彌散性血管內凝血等原因所致。
黃疸、發熱
黃疸多為肝癌晚期表現，也可因膽道癌栓引起，晚期患者腫瘤可壓迫肝、膽管，或因肝細胞性黃瘟。發熱多因腫瘤壞死，合併感染，及腫瘤的代謝產物所引起。無感染者多隻發熱而無寒戰，癌性發熱多在38.5℃以下，極少達到39℃以上。
肝臟腫大
有右上腹包塊、伴或不伴結節、黃疸、腹水、脾臟腫大和肝硬化表現等體征，常為肝癌的晚期表現。肝上界上移，肋下肝大，劍下腫塊常為重要體征。