定性診斷先判斷其是否是小肝癌。進行HBV或HCV的檢查嗎，若該專案呈陽性，則應該考慮是否有小肝癌。AFP的檢查，出現持續一個月以上的>500ng/ml時，並排除其他的疾病時，則可能是出現了亞臨床肝癌。
當AFP的檢查中AFP《20ng/ml時，則應採取以下檢查加以輔助超聲和腫瘤標記。
定位診斷在判斷是小肝癌後，定好其位置，能便於更好的切除和治療
超聲，可檢查出1.5-2cm以上的腫瘤
腹腔或肝的動脈造影，可辨別出1-2cm甚至是0.5cm的腫瘤，但對有肝腎功能損害和碘過敏的患者禁忌。
其他還有CT、核磁共振等，這就是診斷小肝癌的手段。多數的小肝癌無明顯的臨床症狀和體征，常在健康體檢或乙肝病人定期隨訪時發現。其手術切除率和術後5年生存率明顯高於直徑>3cm的肝癌病人。但仍有約百分之10的小肝癌出現異倍體DNA含量，並表現為浸潤性生長.突破包膜，形成衛星結節與瘤栓等與大肝癌相同的惡性生物學行為。