《內經》首次提出溫病病名，根據溫病初起是否有裡熱見證，及病證特點是否符合時令病邪的致病特點，把溫病分為新感溫病與伏氣溫病兩大類。
其中，伏氣溫病是指感邪後邪氣伏藏，過時而發，病發於裡的一類溫病。歷代醫家多以伏邪來解釋伏氣溫病，但有些醫家對於是否存在伏邪問題存在質疑，伏邪是存在的，下面試從麻疹一病淺談對伏邪的理解。
麻疹屬於溫病學中伏氣溫病範疇，從其發病症狀即可判斷，“初時發熱，儼似傷寒，目出淚而不止，鼻流涕而不幹。咳嗽太急，煩躁難安。以火照之，隱隱皮膚之下；以手抹之，亭亭肌肉之間。其形若疥，其色若丹。隨出隨沒，乍隱乍現。”（《幼幼集成》）
對於傷寒與溫病的區別，《傷寒論》已有明確的定義。第3條雲：“太陽病，或已發熱，或未發熱，必惡寒，體痛，嘔逆，脈陰陽俱緊者，名為傷寒。”第6條雲：“太陽病，發熱而渴，不惡寒者為溫病。”麻疹並無惡寒表證，此乃邪氣由裡至外傳變，故見發熱、流淚、流涕、咳嗽等症。正如尤在涇所說：“是以傷寒之邪，自太陽遞入三陰，溫病之邪，自少陰傳出三陽。”此為傷寒與溫病之異也。
《小兒藥證直訣》記載：“小兒在胎十月，食五臟血穢，生下則其毒當出。”《活幼心書》雲：“瘡疹之作，始自嬰孩生時，啼聲一出，則咽下口中穢濁，蓄之在胃，因氣運變遷，主客勝複，邪氣鬱發，與元受穢濁激搏，而形於肌肉皮膚之外。初發有類傷寒，不拘四時，皆有此候。”
此處所提之瘡疹，從其後文“輕者如麻，俗言麻子；重者如豆，謂之豆瘡”來看，與麻疹異名而同類焉，僅症狀之輕重異耳。或曰：“前文言溫病之邪自少陰傳出三陽，此言蓄之在胃，二者豈非矛盾乎？《小兒藥證直訣》雲其毒當出，此豈非無伏邪之證焉？”
胃為後天之本，主受納腐熟水穀，邪氣確實可以由口進入胃，但“六腑以通為用”，“胃宜降為和”，此言“蓄之在胃”，僅是言胃為邪氣進入人體之通路，非為邪之所伏之處也，僅舉一例即可明瞭：
人食水穀後，亦可稱水穀蓄之在胃，必待胃之腐熟、脾之運化才可將精微敷布於全身，豈可言食物留於胃而不行？《素問·上古天真論》雲：“腎者主水，受五臟六腑之精而藏之，故五臟盛，乃能瀉。”
由此可知，胃中的穢濁之氣可從水穀之道下流入腎，閉藏於其中。《小兒藥證直訣》雲：“小兒在胎十月，食五臟血穢，”此血穢稟受於母體，故可稱之為胎毒。“生下則其毒當出”並非言發病，而是指五臟之血穢隨胎兒出生而排出母體，形成所謂之惡露，正如《活幼心書》所講，“嬰孩生時，啼聲一出，則咽下口中穢濁”。由此看來，麻疹的成因則是體內有伏邪，即胎毒，適逢非運之氣，則發病。
正如《幼幼集成》所說：“麻雖胎毒，多帶時行。氣候寒溫非令，男女傳染而成。”若僅是非其時有其氣，為何只有一部分人會發病，而其餘人健康？正所謂“邪之所湊，其氣必虛”，胎毒伏藏於人體，暗耗正氣，久而久之，則素體虧虛。此為伏邪之一證也。
《溫病條辨》雲：“痘證為先天胎毒，由肝腎而脾胃而心肺，是矣。總未議及發於子午、卯酉之年，而他年罕發者何故。蓋子午者，君火司天；卯酉者，君火在泉；人身之司君火者，少陰也。少陰有兩髒，心與腎也。先天之毒藏於腎臟。腎者，坎也，有二陰以戀一陽，又以太陽寒水為腑，故不發也，必待君火之年，與人身君火之氣相搏，激而後發也。”
吳鞠通所述即內有伏邪，外遇戾氣而發病，此處具體提及何年易病，應用五運六氣解釋更具說服力，並可指導臨床在此年份多加預防。《素問·六元正紀大論》篇對五運六氣有詳細的解釋，其記載所發溫病之年份，皆為君相二火加臨之候，此為伏邪之二證也。
許多人質疑伏邪學說，主要在於兩方面，一為伏邪伏於何處？二為既有邪氣，為何不發病？如上文所說，胎毒即是伏邪，人身正氣強盛時，邪不勝正，故而不發。
從另一方面來說，胎毒為嬰兒在母體時所感受，稟受于父母先天之精，腎為先天之本，主藏五臟之精，其又有閉藏之職，不僅可以閉藏正氣，還可以閉藏邪氣，故胎毒藏於腎中不出，亦不發病。
若適逢非時令之氣，正氣與外界戾氣抗爭，腎中的元陰元陽為一身的根基，乃正氣之化源，此時胎毒邪氣亦隨正氣從腎中而出，兩邪相合，正不勝邪，故發病。
前言外界戾氣引動體內伏邪而發病，若自然界中無非時之氣，即人並非感受戾氣，亦可存在伏邪致病。如《素問·陰陽應象大論》所雲：“冬傷於寒，春必病溫。”
尤在涇在《醫學讀書記》中反駁王叔和與喻嘉言“寒毒藏於肌膚”的觀點，並提出“惟少陰為陰，寒邪亦為陰，以陰遇陰，故得藏而不發”之說，腎為少陰之髒，與前文所述胎毒伏邪藏於腎中並不矛盾。
《素問·四氣調神大論》雲：“冬三月，此為閉藏，水冰地坼，無擾乎陽。”冬主閉藏，不但可以閉藏精氣，還可閉藏邪氣，若邪氣伏于陰分，兩陰相得，則可使邪氣閉而不出。至春天，陽氣始生，萬物萌發，邪氣亦順應時氣從少陰入于三陽，寒邪在少陰鬱閉日久則化熱，得春天陽氣的資助，則熱性更強，故不同於傷寒，而名之溫病，由此則可以解釋為何“冬傷於寒，春必病溫”。