子宮內膜異位症治療方法主要有藥物、手術及藥物加手術三種。盆腹腔內異症的手術治療，可採取剖腹手術或婦科電視腹腔鏡手術兩種途徑。
腹腔鏡手術有人稱為“鑰匙孔”手術，因為通常它僅在前腹壁皮膚 上做3～4個0.5～1釐米如同“鑰匙孔”樣的小切口。通過這些“鑰匙孔”放入腹腔鏡及腹腔鏡一些特殊器械進行手術。這種“鑰匙孔”手術較之剖腹手術具有許多明顯的優越性，例如手術切口極小、創傷小、痛苦少，術後新生粘連少，美觀，恢復快，住院時間短等。
對盆、腹腔內異症的腹腔鏡手術治療，雖還不能說百分之百替代剖腹手術方法，但可以說，約90%以上均可用這種“鑰匙孔”手術取而代之。
事實上，內異症患者大多數年齡較小，多數只能進行保守的或半根治性（保留卵巢 的、非根治性的）手術或藥物治療，治療後常容易復發；復發的患者，有些仍需要再次手術。再次行“鑰匙孔”手術者，與再次行剖腹手術相比，雖有創傷，但痛苦要少得多。
具體而言，腹腔鏡手術可分為保守性手術、半根治手術、根治性手術三種，現簡單介紹如下：
保守性手術指在切除內膜異位病灶的同時，保留子宮和卵巢的功能（單側或雙側）。它適用於年輕或有生育要求的婦女。可在腹腔鏡下進行盆、腹腔粘連分離，卵巢內膜異位囊腫剝出或吸出囊液注入乙醇，輸卵管整形等，使之盡可能恢復正常的解剖關係。也可進行內膜異位元病灶的活組織檢查、摧毀或切除，或進行骶神經切斷、骶韌帶部分切除，甚或一側卵巢切除。
半根治手術指在盡可能摧毀、切除所有可見的子宮內膜異位病灶，切除子宮的同時，保留一側或雙側卵巢。這一般適用於45歲以下、無生育要求，但臨床症狀嚴重的中重度內異症患者。可在腹腔鏡下行子宮加一側卵巢和輸卵管切除，或行子宮切除加一側或雙側卵巢內膜樣囊腫剝出術。
根治性手術指切除內異症患者子宮及雙側卵巢。一般適用於45歲以上、近絕經期、臨床症狀嚴重的中重度內異症患者。行根治術後的患者，殘留的異位病灶一般均會自行萎縮吸收，術後發生復發的可能性較小。