子宮內膜異位症是可以用藥物來進行治療的。藥物治療可以有效使子宮內膜異位症的病灶逐漸縮小，症狀就會減輕或者是慢慢消失。藥物來治療子宮內膜異位症，主要是依靠抑制卵巢的功能以誘發異位子宮內膜的萎縮。
1、藥物“切除卵巢”：其作用機制是用GnRH-A後佔據腦垂體大部分GnRH受體，使垂體分泌的促性腺激素FSH及LH分泌降低，最終卵巢分泌的性激素減少，可下降到絕經期水準，使種植內膜萎縮。
2、假孕療法：使異位內膜轉化為蛻膜，間質水腫，內膜壞死萎縮。常用的藥物為孕酮。
3、抗雌激素藥物：三苯氧胺是抗雌激素藥物，是繼孕酮、丹那唑後供選擇治療子宮內膜異位症的藥物。
4、假“絕經”療法：通過抑制垂體促性腺激素的分泌而抑制卵巢功能，使子宮內膜萎縮，造成假絕經。常用藥物為丹那唑、內美通等。
5、米非司酮：米非司酮具有抑制排卵、誘發黃體溶解、抗增值作用，在臨床使用較廣泛。治療期間患者會出現閉經、腹痛緩解，病灶縮小。停藥後3～6周月經恢復正常。