（1） 減少醫源性子宮內膜種植的機會
腹部和會陰側切傷口的內異症是手術中子宮內膜種植造成的。因此術中應注意保護傷口，術畢應徹底沖洗傷口。為減少將子宮內膜帶至盆腔或發病部位，月經期一般不應做盆腔檢查。人流最好不做或少做，做時要正確使用負壓。月經期儘量不做絕育。月經過多者儘量不用普通宮內節育器避孕。
（2） 積極治療高危因素
應注意發現並積極治療宮頸狹窄、生殖道梗阻。月經期不做劇烈運動，並應避免高度精神緊張。積極治療重度原發性痛經和月經過多也可能有預防的作用。有異位症家族史者應定期做婦科檢查，以便及時發現異位症，及時治療。提倡晚婚，但宜適時生育。
（3） 其他
規律體育運動有可能減少異位症的發生，長期服用避孕藥也可能有一定的預防作用。