症狀一：子宮內膜異位至膀胱者，有週期性尿頻、尿痛症狀；侵犯膀胱粘膜時，則可發生週期性血尿。
症狀二：子宮內膜異位患者常伴有不孕。不孕與內膜異位症的因果關係尚有爭論，盆腔內膜異位症常可引起輸卵管周圍粘連影響卵母細胞撿拾或導致管腔堵塞。或因卵巢病變影響排卵的正常進行而造成不孕。但亦有人認為長期不孕，月經無閉止時期，可造成子宮內膜異位的機會；而一旦懷孕，則異位內膜受到抑制而萎縮。
症狀三：再有就是每月的痛經：發生在月經前，月經時及月經後。有的痛經較重難忍，需要臥床休息或用藥物止痛。疼痛常隨著月經週期而加重。由於雌激素水準不斷高漲，使異位的子宮內膜增生、腫脹，如再受孕激素影響則出血，刺激局部組織，以致疼痛。
症狀四：子宮內膜異位症的一個重要的症狀就是月經過多：內在性子宮內膜異位症，月經量往往增多，經期延長。可能由於內膜增多所致，但多伴有卵巢功能失調。