期待治療
指對患者定期隨訪，對症處理病變引起的輕微經期腹痛。對希望生育的患者，應儘早在腹腔鏡下對輕微病灶進行切除或電凝處理。改善盆腔內環境後，期待患者儘早妊娠。
藥物治療
適用於慢性盆腔痛、經期痛經症狀明顯、無生育要求及無卵巢囊腫形成的患者，包括對症治療和激素抑制治療，常用的藥物有：達那唑、孕三烯酮、促性腺激素釋放激素激動劑，也可採用假孕療法。
手術治療
有經腹手術及經腹腔鏡手術兩種。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為異位症治療的最好方法，為全標準治療。腹腔鏡手術已成為異位症的首選治療方法。手術有保留生育功能的手術，保留卵巢功能的手術及根治性手術，具體採用什麼樣的手術需針對個體不同而不同。