子宮內膜異位症患者很容易在卵巢、盆腔形成囊腫，如果一直不治療，受孕幾率可能會逐年減少，因此患病時間越長，病情越重，就越不容易懷孕。所以有輕度子宮內膜異位症的患者建議儘早懷孕，因為妊娠也是治療內異症的一種方法，因為受孕及哺乳的這段時間，月經會自動暫停，這樣異位的內膜在一定程度上會受到抑制，甚至會漸漸萎縮，而這就是對子宮內膜異位症的最好治療。
月經應該會自動暫停，所以對於內異症患者是一種很好的修復時機，這樣內膜就會漸漸萎縮，直至減輕或者治癒。如果已經造成輸卵管堵塞的可利用手術糾正，須用顯微鏡手術。通常是把阻塞的部分切除，把兩端沒阻塞的輸卵管，用非常幼細的線縫起來。成功的手術，輸卵管會暢通無阻。