早期食道癌癌灶比較小，應重視內鏡下活檢，尤其是首次活檢宜選擇最可疑部位，並多點、多塊取檢，提高活檢的陽性率，為提高食管早期癌的檢出率，為癌腫分期、選擇治療方案提供依據，可以採用下列特殊內鏡檢查。
1.染色內鏡
又稱色素內鏡，內鏡直視末發現典型病變，但有可疑改變時，可進行局部染色，根據染色差異取活檢，能發現早期癌。
2.超聲內鏡
超聲內鏡能清楚顯示出癌變侵犯食管壁的深度和範圍，周圍器官和淋巴結有無轉移，為食道癌分型、分期和制訂治療方案提供可靠依據。超聲內鏡通過觀察縱膈、賁門部淋巴結來判斷轉移的可能性。
3.放大內鏡
放大內鏡兼有常規內鏡和放大觀察雙重功能，可將常規內鏡所見的病變放大35～170倍再進行觀察，可重點觀察隱窩、腺管開口形態或黏膜下血管形態，然後在局部酌情噴灑Lugol液或甲苯胺藍，以使病變在放大內鏡觀察更加清晰，故又稱放大染色內鏡。利用放大內鏡的放大效應和上皮細胞對色素的內吞作用，觀察食管上皮細胞的細微結構，對早期黏膜病變的診斷效果明顯優於普通胃鏡。
4．窄帶成像技術
該技術是一種新興的內鏡技術，利用濾光器過濾掉內鏡光源所發出的紅、藍、綠光波中的寬頻光譜，僅留下窄帶光譜用於診斷消化道各種疾病。主要臨床用途是首先從較遠的視野發現病變，確定病變範圍，然後近距離放大以識別黏膜細微形態和毛細血管模式的改變，鑒別病變性質。