1、免疫功能異常
子宮內膜異位症患者可有細胞免疫異常，以異位增生的子宮內膜細胞作為抗原，產生對正常子宮內膜的自身抗體。
2、機械性因素
在子宮內膜異位症的發展過程中，輸卵管多保持疏通性，但卵巢或輸卵管周圍粘連則成為不孕的重要原因。尤其是冰凍骨盆、輸卵管粘連可引起拾卵障礙或精子的輸卵管內輸送障礙。此外，輸卵管異常是子宮內膜異位症病其中一個原因。
3、黃體功能異常
子宮內膜異位症可影響早期胚胎發育，有黃體功能異常及宮腔內環境異常，干擾早期胚胎的發育及植入，引起內膜異位症。
4、腹水異常
排卵後腹水瞬間腹水屬血漿濾液，正常盆腔記憶體量少於5ml，排卵後腹水瞬間增至20ml。腹水體積及腹水中各種激素和其他物質的濃度影響排卵、拾卵、輸送受精卵等過程，也間接引起內膜異位症。