卵巢囊腫可影響排卵，對生育有一定影響。若是囊腫較小，不影響卵巢排卵，仍可懷孕，若影響排卵，生育自然也會受到影響。
卵巢囊腫屬廣義上的卵巢腫瘤的一種，各種年齡均可患病，但以20-50 歲最多見。卵巢是卵子發育、成熟、排出的場所，而各個不同階段的卵泡在卵巢皮質，若卵巢遭受到破壞，使卵子發育、成熟及排出受損，就會導致不孕。
卵巢囊腫屬於卵巢腫瘤的一種，其引起不孕的機制與干擾排卵功能有關。若囊腫較小，不影響卵巢排卵，就不會影響懷孕。若囊腫佔據了整個卵巢，且分泌一些激素，影響到排卵，對懷孕就會有一定影響。
巧克力囊腫對生育有一定程度的影響，不過臨床上碰到少數巧克力囊腫病人，也懷孕了。根據病情，如果能夠實施手術剔除卵巢囊腫，保留正常的卵巢，那麼生育的機會還是很大的。做了手術以後，要注意另外一個問題，有可能產生盆腔粘連，可能會影響到輸卵管，影響排卵影響懷孕。
另外，某些含有內分泌功能的卵巢囊腫，如卵巢甲狀腺瘤、卵巢顆粒—卵泡膜細胞瘤、睾丸母細胞瘤等，可因其所含腫瘤組織成分不同而產生某些相應激素，從而干擾了卵巢激素的正常分泌和排卵，出現閉經，子宮出血，多毛和不孕等症狀。