枸杞子的病蟲害主要有白粉病和枸杞木虱、枸杞癭蟎、枸杞蚜蟲等。對高效節能型日光溫室枸杞的病蟲害，必須做到以防為主。
1、在扡插時，應選用健壯、無病蟲害的母株，並對母株和扡插條有針對性地進行噴藥，殺滅木虱、癭蟎或蚜蟲。
2、扡插育苗期間要注意病蟲害防治。如在露地扡插育苗，定植前要進行一次噴藥；如在保護地內扡插育苗，則應儘量保持無病、無蟲環境。
3、定植時要注意同一棟溫室內不要混種其他蔬菜。定植前和越夏前(最後一次收穫後)要對栽培環境進行清理，清除雜草和落葉，並用百菌清和敵敵畏煙劑進行薰蒸消毒，每667m 用量22％ 敵敵畏煙劑約500g、45％ 百菌清煙劑約250g。
4、扡插苗定植後，應在溫室放風口覆蓋防蟲網，並儘量保持溫室內適宜的溫濕度，嚴格控制病蟲害的發生。在枸杞收穫期間，儘量不使用或少使用農藥，不得已使用時應在採收前1星期進行。白粉病可在發芽前和展葉後用0．5波美度(相當於相對密度1．003)的石硫合劑進行噴布，每7～l0天噴一次，以利預防。枸杞木虱可用50％ 樂果500倍液防治；枸杞癭蟎可用0．5波美度石硫合防治；枸杞蚜蟲可用20％樂果乳劑2 000倍液進行防治。此外，如有茶黃蟎、紅蜘蛛發生，前者必須及時使用20％三氯殺蟎醇乳油或35％殺滿特1 000倍液防治；紅蜘蛛可用40％ 樂果乳劑1 500倍液防治。