慢性咽炎與上消化道疾病有密切的關係。在診斷和治療時，應詳細詢問病史，全面檢查，以便及時發現可能伴有的上消化道疾病。
部分慢性咽炎患者經詳細詢問病史，除有咽部不適感、異物感、瘙癢、乾燥、灼熱及微痛外，還有上消化道症狀，如上腹疼痛、飽脹不適、噯氣返酸、早飽、噁心、嘔吐、吞咽不暢、胸骨後灼熱感等。
具有上消化症狀的患者除耳鼻咽喉科檢查外，需進行纖維胃鏡、B 超、GI等檢查，證實有消化道疾病的分別為：反流性食管炎，慢性胃及十二指腸炎，胃及十二指腸球潰瘍，食道裂孔疝，輕度腸網膜上動脈壓迫綜合征，食管癌，胃癌，膽道疾病，或同時有多種上消化道疾病。
其中，混合型慢性咽炎中以並存反流性食管炎、慢性胃及十二指腸炎和胃及十二指腸潰瘍居多；單純型慢性咽炎以並存膽道疾病或同時並存多種上消化道疾病者居多；萎縮型慢性咽炎則多見並存食道癌或胃癌。
這部分患者除治療慢性咽炎外，同時應注意治療上消化道疾病。對並存食道、胃及十二指腸的良性疾病按症狀及嚴重程度採取單用或聯合使用抗酸劑、Hz受體拮抗劑、質子泵抑制劑以及促進胃腸運動藥物和胃腸黏膜保護性藥物等。浩
治療上消化道疾病應系統性，療程足夠，連續用藥。並應注意戒除煙、酒等嗜好，儘量改變不良飲食習慣和生活方式，如少食宵夜、避免餐後立即臥床、睡眠時高枕位以及不要過度束胸以減少膽汁反流、保持營養均衡、良好的心境和適當的運動筆。