慢性咽炎的病因複雜多變，有研究表明以下因素與其慢性咽炎的發病關係密切。
1.咽部周圍長期存在炎症：如咽部急性咽炎反復發作，慢性鼻炎、鼻竇炎，慢性扁桃體炎，牙周炎、齲病、慢性支氣管炎、支氣管擴張等，這些疾病會使咽部周圍組織發生炎症，若不能及時治癒，炎症可蔓延至咽部，引起慢性咽炎。
2.煙酒過度、用嗓過度、粉塵及有害氣體刺激：這些因素不僅可直接刺激咽部組織，使咽部黏膜受損。其中酒精除了可直接損傷咽部黏膜外，酒精中毒，還會嚴重影響營養物質的消化與吸收，特別是脂溶性、水溶性維生素及微量元素，降低了人體的免疫力，咽部若發生感染，炎症不易消退，導致慢性咽炎。
3.便秘：有研究表明便秘者易發生慢性咽炎，可能與便秘導致毒素在體內積聚，使機體免疫力下降有關。因此便秘者應該調整飲食結構，多吃水果、蔬菜，少食高脂肪、高能量的食物，特別是高聚糖含量的食物，如韭菜、大蒜、蘆筍、香蕉，以調節胃腸菌群平衡，增加胃腸功能，養成大便的良好習慣，加強體育鍛煉，使便秘症狀得到改善。