人們對於一般事物的認識多通過分析其“質”和“量”兩個方面的表現；醫學研究一般也要提取研究物件的“屬性”和“數量”兩個方面的資訊。在多數研究中，研究者既要作出屬性的“有無”、“好壞”、“是非”的判斷，又要確定數量上的“多少”、“長短”、“大小”的判斷，這就需要研究者能恰到好處地將定性研究和定量研究結合起來。但是中醫臨床的特色判斷如“虛實”、“壯弱”、“暢達”等，所包含的“性質”資訊與“數量”資訊難以分離；中醫臨床實際上首先要作出的是“有無”或“是否”的判斷，也就是以“質化”為先，而不是“量化”為先。而有些中醫研究者在關於某種事物的“是否”或 “有無”的問題還沒有解決之前，就去追逐定量研究，結果辛辛苦苦搞出來的可能是一個偽命題。
我們反思定量研究，不是反對定量研究，而是強調中醫定量研究必須與質化研究相結合。例如，常見有關於某證、某脈的定量化研究所取樣本的大小是按臨床患者的個數而定的；可是決定有無這些證或脈的患者的判斷和分組的卻是醫者。因此，樣本的“質”受研究者的主觀性影響很大。對於同一種證、脈的研究結果可能因不同的研究資料而有“顯著差異”，所謂“客觀化”反可能成了證、脈判定具有主觀性的證明。
辨證論治，就是在與物件的接觸之始，並不予設理論框架，而是在充分收集資料的基礎上，四診合參，從整體的方位，以天人合一的系統觀，並因時、因地、因人地進行病因病機分析判斷，漸漸提升浮現而形成證的“概念”。所謂“證”就是紮根於資料的具有整體性質特點的判斷，是一個可變的過程。它往往不需要精確量化的指標；而多元的多層次的象思維方式的質化，完全可以取得比較準確的判斷。所以，我們認為中醫辨證主要是一個質化的過程。
中醫辨證有八綱辨證、臟腑辨證、六經辨證、三焦辨證、衛氣營血辨證等諸多方法，這是由於醫學研究物件的變動不拘，所處的環境更具有高度的不確定性，必須以動態而更具彈性的研究方法，必須搜集不同情景的不同資料，針對不同資料類型發展出的多元多層次的分析歸納方法。因此中醫的質化比起量化更難以掌握，也是目前中醫研究的弱項。在整個20世紀的科學，量化研究處於科學研究方法的主流。它依靠的是統計、測量和對變數因果關係的線性數理分析，如果一門學科不具備邏輯推理、數學描述、實驗驗證，就被認為不是科學。長期以來，中醫學也被許多人視為“非科學”，其實只是對於中醫質化研究方法缺乏認識。
誠然，中醫有時也運用資料，對臨床辨證的規範化和克服主觀化是有意義的，例如對脈象之遲、平、數、疾等皆大致有定數。然而中醫更重視支援資料與整體背景的關係，如果與系統時空相脫離，所有的資料可能都是膚淺的、無多大意義的。例如“脈數為熱”抑或“為虛”，此時對證的質化研究要求是多元的“症脈互參”，若是“卒持寸口”就變成了一種僵化的遊戲。所以質化方法也並不排除量化，只是不把資料當作唯一的推論依據，資料不過是所有資料來源的一種而已。
另外，比較而言，定量的實驗研究，一般都須要較多的設備和樣本，費力、費時、費錢自不待言。實際上有關中醫學的某些所謂定量研究在大費周折之後回答的卻是一個常識性的問題。曾被國內許多報刊爭相報導的國外某研究機構關於針刺止痛效果的證明即其例，似乎中醫學的常識只有被外國人定量研究證明後才有了說服力，這其實是對於中醫學術缺乏自信心的表現。因此，一項中醫科研專案是否須要進行定量研究，首先是需要嚴格論證的。