中醫怎樣發展才是自主發展？業界對此一直是見仁見智，爭論不斷，難成共識。“自主發展”問題，涉及的是中醫走什麼路以及中醫特色能否堅持不變的重要問題。展開深入討論，意義自不待言。
中醫有著二千多年的歷史，今天如何應對和駕馭複雜的形勢，如何科學地對接中醫的過去與未來，要看我們對中醫“自主發展”的理解。筆者以為，中醫的自主發展要把握好三個原則，即本于傳統，超越傳統；借鑒西醫，跳出西醫；立足現代，突出自我。
本于傳統 超越傳統
繼承傳統，就是不忘記本色。中醫的傳統，有文化的、有理論的，還有臨床實踐的。中醫的存在與發展需要傳統的東西來滋養與支持，沒有了傳統，也就沒有了中醫之根本。中醫唯有承載著歷史形成的傳統烙印，才能保持自身的存在。
中醫的發展與社會的發展一樣，同樣經歷了一個由愚昧走向文明的過程，巫與醫的關係，向我們展示的應當是中醫發展的真實歷史軌跡。但歷史不等於傳統，這是我們對待歷史和繼承應有的態度。
中醫古籍浩如煙海，其中必是糟粕與精華並存；中醫學說異彩紛呈，也同樣是真理與謬誤並見。唯有精華與真理才是我們要繼承的，而不是歷史的全部。認為繼承傳統就是回歸歷史，一切回到原來，顯然是將歷史與傳統相混淆了。
本于傳統，就是要堅守自己的本色。首先要本于中醫的優秀文化，本于中醫的經典理論，本於臨床的特色技術。之所以提出要堅守本色，是因為中醫的本色在當代正在發生著蛻變。如優秀文化中的道德規範成為了掛在牆壁上的裝飾，《大醫精誠》的訓示在醫療實踐中已難領風氣之先；中醫經典理論的研究與探索，本是中醫一生堅持不懈的，而真正心無旁騖、孜孜以求而成一代大家者，則是寥若晨星，屈指可數；臨床不問名利，堅守中醫傳統技術終其一生而成一代名醫者，更屬鮮見。倒是隨著現代科學的湧入，中醫傳統大有被取代之勢。因此，本色不守，何談發展？
超越傳統，則是中醫對新的社會需求做出的適應，這種適應更多的是對自我的否定之否定。比如對中醫經典的認識，由於受時代科學條件的限制，《內經》、《傷寒論》中的理論闡述，並非句句真理，甚至有非科學的東西在所難免。
為了適應新的時代，中醫就必須進行理論的創新與超越。同樣，臨床傳統技術在堅守的同時，也要根據時代需求變化做出相應的提高和創新。一成不變，不求發展，就會被時代冷落。
但是，超越傳統不是脫離傳統，而是根于傳統之上的飛躍。以陰陽學說為代表的傳統理論在統領中醫向更具體、更深入的層次發展時已經遇到難以克服的障礙。作為科學的中醫，必須在現代科學理論和方法的支持下進行新的適應，進行理論創新，最終超越傳統。
借鑒西醫 跳出西醫
同屬於醫學範疇，中醫與西醫的相互借鑒是不可避免的。實踐證明，科學借鑒西醫的理論與方法，給中醫發展帶來的只能是支持和推動。人的健康與疾病，是中醫與西醫共同關注的物件，所不同的是各自用不同的思維方式在不同的層面進行各自的觀察和認識。
也正是因為這一不同，才使中、西醫各有所長和各有所短，才有了優勢互補的強烈需求，而且這種需求是任何力量都無法抗拒的，因為這是科學規律使然。但是，由於中、西醫理論與思維方式的根本不同，在當下科學水準還難以使二者達到理論上的真正融合。說明中西醫的互相借鑒是有條件的，只能限制在一定層面。硬性的、非自然的結合，只能給中醫發展帶來阻礙作用。中醫出現“西化”現象，問題就在於中醫對西醫的借鑒超越了條件的允許，影響到了中醫的思維模式和理論發展方向。
借鑒西醫，中醫應當用科學的態度引導它，不要因為害怕“西化”而全面阻攔和限制。現在需要我們正確面對的是，一些先進的現代檢測儀器、研究手段、研究方法已經大量應用于中醫的科研和臨床，大有與傳統研究平分天下之勢，對此我們不應簡單排斥。屠呦呦對青蒿素的研究告訴我們，只要中醫的主體性不被改變，任何技術和方法的借鑒，都是有利於中醫發展的。
跳出西醫，就是在借鑒西醫的過程中能夠擺脫西醫思維模式的影響。用還原研究的方法對中醫的基本原理進行深入探討是必要的，因為中醫形而下研究的不足是導致中醫理論不能快速發展的癥結所在，對現象之下層面展開研究是促進理論發展的突破口。但是，不能因為還原方法的應用而影響和弱化中醫的整體思維。所以，在借鑒西醫時要把握好借鑒的條件邊界，注意應用的層面，始終將西醫的理論與方法作為工具來使用，確保中醫的整體思維不受干擾，使中醫理論永遠處於統領地位。
立足現代 突出自我
應用科學是緊跟時代變化而發展的，社會需求是其發展的主要動力。中醫的價值也主要表現在社會對它的應用需求上。所以，必須關注中醫的應用性，從現代社會需求上尋找中醫發展的動力。現代與傳統是一對矛盾，如何處理好二者之間的關係，則是中醫能否在堅持傳統的同時又能發展於當下的關鍵。
立足現代，必然要求中醫在適應現代社會的過程中做出必要的改變、發展與創新，必然對傳統形成一定影響和衝擊。這就要求我們在立足和適應現代的同時，保護好中醫的優秀傳統，特別是要保證體現中醫本色的東西不被遺失掉。這裡便有一個立足現代和突出自我相統一的問題，即立足現代，是中醫向現代社會找尋發展的根據；突出傳統，是中醫在滿足現代社會需求中對自身特色的強化與發揚。為了追求現代化而喪失自己的本色，或為突出傳統而遠離時代需求，這都不是中醫自主發展的應有之義。