1、病害
細辛菌核病，是栽培細辛的毀滅性病害，危害細辛的根部、越冬芽、莖、葉、花、果實等部位。春、秋兩季多發生，嚴重時會導致細辛全部死亡。
防治措施：應本著“防重於治”的方針，做好安排。①封鎖發病區 禁止帶病種子、病苗外運，防止人為傳播。對病區、病床要及時根治。②建立無病種苗基地 選用無病種苗移栽，建立嚴格的管理制度，防止將病土、病苗、病株帶入無病區內，嚴禁混用病區的工具。③種苗消毒 移植時選用健壯苗。移植前用800倍代森銨與200倍10%多菌靈混合液浸苗2-4小時，然後定植。④藥劑防治 對有中心病區的細辛田，採用代森銨加多菌靈混合藥劑（配法同上）開溝集中灌注，深達根部，4月初至5月末、9月初至11月上旬共用藥6次。
2、蟲害
細辛蟲害有地老虎、蠐螬、蝗蟲、黑毛蟲、螞蟻等。黑毛蟲、蝗蟲咬食葉片，地老虎咬斷葉柄，蠐螬咬食芽、根、葉柄，螞蟻主要是在果實成熟破裂後搬走種子。蝗蟲、黑毛蟲、螞蟻可用敵百蟲1000倍液噴霧於葉面和地面殺之。地老虎、蠐螬可用敵百蟲1000倍液灌根，也可人工捕捉或用毒餌誘殺。