基於整體觀的中藥複方現代研究目前面臨二大瓶頸問題：一是“方－證－病”割裂的研究體系違背了中醫藥“整體觀”；二是“基因－蛋白質－代謝物分離” 的研究模式缺乏“系統性”。包括單一的組學研究、不同組學資料沒有較好地整合和關聯，缺乏系統性和整體性，容易出現“碎片化”傾向；網路藥理學把單一小分子藥物看作擾動因素，注重“基因－蛋白質－代謝物”網路的整體刻畫（“點－系統”模式），不完全適用中藥複方（藥物系統）的研究。因此，建立“系統（藥物系統）－系統（生物系統）”研究模式是整體觀指導下的中藥複方研究新途徑，具有極其重要的科學意義和廣闊的應用前景。
同時，要重視中西評價體系的結合。包括兩個方面：
第一，方劑療效的評價要以中醫理論為指導，加強中醫證候評價的可量化、客觀化、數位化研究，將中醫證候評價指標、西醫常規評價指標以及系統生物學等新的評價指標整合成為綜合的評價體系。
第二，臨床系統生物目標是建立整合生物標誌物系統，應用於疾病早期預警、臨床診治以及藥物評價等，整合生物標誌物系統包括中醫證候生物標誌物群及系統生物學標誌物群多個層面，系統生物學研究又可以包含基因、蛋白質等多個層次的標誌物群。