《內經》所論臟腑數目不盡相同，這也符合《內經》各家學說的性質，具有多家觀點，在這裡僅對基本符合髒、腑定義的臟腑數目加以探討，諸如“形髒四，神髒五”及唐代王冰所謂“九形腑”，均是從“天人相應”觀得出的認識，但其中挾雜著“形”，故不符合在《內經》中占主導地位的“臟腑”的定義，在中醫學裡也未能得到進一步發展，所以不在此討論。“奇恒之府”雖屬臟腑之範疇，但也因其不符合髒、腑的嚴格定義，因此也不再進行討論。
十一臟腑說
《內經》多處提到“五臟六腑”，包括心、肝、脾、肺、腎、胃、大腸、小腸、膽、三焦、膀胱這十一個臟器。顯而易見，這種學說在《內經》中佔據主導地位，也是十一臟腑說的主體內容。如《素問·金匱真言論》雲：“肝、心、脾、肺、腎五臟皆為陰，膽、胃、大腸、小腸、膀胱、三焦六腑皆為陽。”《靈樞·師傳》亦雲：“五臟六腑者，肺為之蓋……心為之主……肝者，主為將……脾者，主為衛……腎者，主為外……六腑者，胃為之海……鼻隧以長，以候大腸。唇厚、人中長，以候小腸。目下果大，其膽乃橫。鼻孔在外，膀胱漏泄。鼻柱中央起，三焦乃約，此所以候六腑者也。”這種在《內經》中佔據主流的觀點，也為之後臟腑配屬中的五臟配五腑說、五臟配六腑說奠定了基礎。
十二臟腑說
《素問·靈蘭秘典論》雲：“心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治節出焉。肝者，將軍之官，謀慮出焉。膽者，中正之官，決斷出焉。膻中者，臣使之官，喜樂出焉。脾胃者，倉廩之官，五味出焉。大腸者，傳道之官，變化出焉。小腸者，受盛之官，化物出焉。腎者，作強之官，伎巧出焉。三焦者，決瀆之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。凡此十二官者，不得相失也。”十二臟腑說即由《素問·靈蘭秘典論》篇提出，指出人有十二臟腑，在上述十一臟腑之外還有膻中。膻中在《內經》中具有不同的含義，《靈樞·海論》中說：“膻中者為氣之海”，即指胸中；《靈樞·脹論》中說：“膻中者，心主之宮城也”，即指心包絡。另外，《靈樞·經脈》等篇十二經脈與臟腑配屬有心包絡而無膻中。《素問遺篇·刺法論》亦說：“膻中者，臣使之官，喜樂出焉，可刺心包絡所流”，指出膻中有邪刺心包絡，根據其他臟腑皆刺本經的論點，可知膻中即心包絡。
《內經》認為心包絡僅起代心行令、代心受邪、保護心臟的作用。正如《靈樞·邪客》說：“故諸邪之在於心者，皆在於心之包絡”，除此並無其他特殊功能。因此，中醫在論述各個臟腑功能時，大多把心包絡放入心中討論，並且認為它只是心的一個附屬器官，所以無論是在《內經》還是在後世醫籍，心包絡均未受到過多的重視，十二臟腑說也並未佔據主要位置，而仍以十一臟腑說為主。
另外，《難經》在《內經》十二臟腑說的基礎上多有闡述。如《難經·三十六難》雲：“髒各有一耳，腎獨有兩者，何也？然：腎兩者，非皆腎也。其左者為腎，右者為命門。命門者，諸神精之所舍，原氣之所系也；男子以藏精，女子以系胞。故知腎有一也。”又如《難經·三十八難》雲：“五臟亦有六髒者，謂腎有兩髒也。”《難經·三十九難》雲：“經言腑有五，髒有六者，何也？然：六腑者，正有五腑也。五臟亦有六髒者，謂腎有兩髒也。其左為腎，右為命門。命門者，謂精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通，故言髒有六也。腑有五者，何也？然：五臟各一腑，三焦亦是一腑，然不屬於五臟，故言腑有五焉。”可見，《難經》中的十二臟腑是將腎分為兩髒，左為腎，右為命門的觀點。把腎與命門對立，認為命門是一個獨立的臟腑，但從《難經》所述的“命門者，謂精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通”來看，這裡所稱命門的功能，實為腎臟功能的一部分。值得說明的是，從《難經》的論述中，我們還能看出對三焦這一臟器認識的不同，這些均是關於早期中醫學在臟腑數目中存在不同觀點的反映。
十三臟腑說
王好古《此事難知》認為六髒六腑為十二，又加胞一腑，則為十三臟腑。胞在《內經》中實有三個概念，一者尿胞，一者心包絡，一者女子胞。王好古把胞作為一腑，用的是尿胞概念，如他雲：“膀胱胞內居之”，“膀胱者，胞之室也”。
筆者認為，“胞移熱於膀胱”語出《素問·氣厥論》，對於“胞”的解釋，歷代醫家主要有兩種意見：其一認為指精室與女子胞，如吳崑、張介賓等；其二認為膀胱之中又有一胞，如馬蒔、王履等。這些解釋均不能盡其經旨。考“胞”字，《內經》有多種含義，其一為心包絡。如《素問·痿論》“悲哀太甚，則胞絡絕”，據此，此“胞”當為心包絡。心包絡之脈同手少陽三焦相表裡，“下膈，曆絡三焦”，膀胱正位於下焦，從而構成心君、心包絡和膀胱之間的經絡聯繫。正如楊上善注《素問·痿論》時所雲：“心悲哀太甚，則令心上胞絡脈絕，手少陽氣內動有傷，心下崩損，血循手少陽脈下，尿血”，強調血從包絡循手少陽脈下至膀胱，也就闡明了心君、心包絡有熱、包絡移熱於膀胱的途徑。《內經》原文說“胞移熱於膀胱，則癃、溺血”。癃是指排尿困難，甚則小便閉塞不通，由膀胱氣化不利所為。膀胱氣化不僅取決於臟器自身，且與心、心包絡有關。清代名醫曹仁伯認為：經曰：胞移熱於膀胱則癃、溺血，故藥用導赤散合火府丹加燈火。程國彭認為“心主血，心氣熱，則遺熱于膀胱，陰血妄行而溺出焉”；“清心，阿膠散主之”。由此不難看出，這些臨床大家，雖然沒有明確指出“胞”即“心包絡”，但卻是依此用藥行治，而且行之有效，這也從實踐上證明這一論點的正確性。
綜上所述，十三臟腑說主要爭議在“胞”，“胞”或為尿胞為膀胱之一部分，或為心包絡已包含在六腑之內，因此，十三臟腑說不能成立。總之，就臟腑數目而言，《內經》形成時期主要有十一臟腑說、十二臟腑說兩種。