《素問·靈蘭秘典論》根據十二臟腑在人體中的不同分工合作關係，將十二臟腑喻為君臣十二官，分別論述了它們的功能。
何謂“十二官之相使”
心主宰生命活動，通過神明來協調各臟腑的功能，喻為“君主之官”。張介賓注：“心為一身之君主，稟虛靈而含造化，具一理以應萬幾，臟腑百骸，唯所是命，聰明智慧，莫不由之，故曰神明出焉。”
肺主氣司呼吸，調節全身氣機，輔助心血運行，而且位高近心，猶如宰相，喻為“相傅之官”。張介賓注：“肺與心皆居膈上，位高近君，猶之宰輔，故稱相傅之官。肺主氣，氣調則營衛臟腑無所不治，故曰治節出焉。”
肝藏血舍魂，職司謀慮，又主筋，司運動，喻為“將軍之官”。惲鐵樵曰：“肝主怒，擬其似者，故曰將軍。怒則不復有謀慮，是肝之病也，從病之失職，以測不病時之本能，故謀慮歸諸肝。”《明堂五臟論》“肝者，幹也”，《爾雅》“幹，也，即相衛也”，段玉裁以為即“幹身蔽目”，皆說明肝臟具有護衛人體的作用；另外，幹，含有干犯的含義，說明肝的特性為易於侵犯它髒，如乘脾，侮肺等。
膽參與謀慮而善決斷，剛正果決，喻為“中正之官”。因其具有主司人體的決斷，不偏不倚，正確處理問題的功能，而臨床上膽氣虛的病人，易出現易驚、易恐、多疑、不決的症狀，故溫膽湯可治療驚悸不寧之證。《明堂五臟論》認為“膽為貫也”，貫，即貫穿，指膽的功能貫穿十二臟腑，一則膽分泌膽汁，可助六腑之消化，一則膽主決斷，可通過影響精神活動影響五臟，故又有“十一髒取決於膽”之說。
膻中，注釋凡二：一指氣海，王冰注：“膻中者，在胸中兩乳間，為氣之海。然心主為君，以敷宣教令，膻中主氣，以分佈陰陽。氣和志適，則喜樂由生，分佈陰陽，故官為臣使也。”二指心包絡，張琦《素問釋義》注：“膻中即心包絡，為心主之宮城也”，作為十二官之一，當指心包絡。薛雪注雲“膻中亦名上氣海，為宗氣積之處，心包絡，包為膜，心君之宮室，……膻中者，宮室外之城府也。”說明膻中為無形之宗氣，心包絡乃包之血絡。程士德《素問注釋匯萃》雲：“然五臟六腑合為十二髒，焉得謂無形之氣，這裡的膻中當指心包絡。”張介賓亦注“按十二經表裡，有心包絡而無膻中，心包之位正居膈上，為心之護衛。《脹論》雲：‘膻中者，心主之宮城也’，正合心包臣使之義。”《靈樞·邪客》言：“心者，五臟六腑之大主也，邪弗能容也，容之則心傷，心傷則神去，神去則死矣。故諸邪之在心者，皆在於心包絡”。故葉天士有“溫邪上受，首先犯肺，逆傳心包”的論述。總之，膻中（心包絡）護衛心臟，最接近“君主”，猶如內臣，能傳達心主的情志與命令，喻為“臣使之官”。
脾胃受納水穀，運化精微以供養全身，猶如藏糧之所，喻為“倉廩之官”。《禮記·月令》：“谷藏曰倉，米藏曰廩”，原通指藏糧之所。五味出焉，吳崑注：“脾胃和則知五味，脾胃不和則諸物失味，故雲五味出焉。”《明堂五臟論》認為“脾者，裨也，為言裨助胃氣也”。裨，《說文解字》“接益也”。即脾的功能是對胃氣功能的接益或補充。《素問·太陰陽明論》將其表述為“脾主為胃行其津液”，“脾藏者，常著胃土之精也”。由於二者在功能的不可分，故將二者並稱，並在多處經文中將二者的含義互相指代。
腎藏精，主發育與生殖，主髓養骨充腦，是形體強壯的基礎和智慧聰明的源泉，喻為“作強之官”，而出“伎巧”。腎主骨生髓，腦為髓海，髓充則骨強，智多生巧。說明人體格的強健與智力的聰穎，皆是由腎精，主要是先天父母之精決定。據《明堂五臟論》“腎者，引也，為言引水穀和利精神”，由於腎為“胃之關”，開竅于二陰，功能正常有使水谷正常代謝的功能，同時，“腎藏精，精舍志”，故對人體的精神活動有調節功能。
小腸受納胃中初步消化的食物，並進一步分別清濁，其精微物質經脾的轉輸作用運送至五臟，其水液經下焦滲入膀胱，其殘渣向下進入大腸，喻為“受盛之官”，“化物出焉”。據《明堂五臟論》“腸者暢也”，即大小腸的功能均宜通暢下行，但由於小腸的功能複雜，食物留駐的時間較長，故曰“小腸”（小暢），大腸僅傳化糟粕，功能單一，故需留駐的時間較短，因此曰“大腸”（大暢）。
大腸將水穀殘渣繼續向下傳導，稱為“傳導之官”，其將殘渣中部分水分吸收，並形成糞便排出，因而謂“變化出焉”。大腸的傳導功能與下列幾個臟腑的功能相關：一是肺的肅降，唐容川《醫經精義·臟腑之官》言：“大腸之所以能傳導者，以其為肺之府，肺氣下達，故能傳導”；二是胃的降濁功能。三是腎的氣化功能。
三焦化氣行水，維持津液在全身的輸布暢通，三當釋為大、多，焦乃“會”之意，指空隙之處。凡體腔上下，臟腑之外組織空隙之處，均為三焦之所，被喻為“決瀆之官”，而出“水道”。另《內經》中三焦又有三部之意，是上焦心肺，中焦脾胃，下焦肝腎的代稱。
膀胱是津液彙聚之處，而名為“州都之官”，州，有聚義；都，水澤所聚謂之都。膀胱在腎的氣化作用下，將津液中有用的部分升騰輸布至全身，而無用的廢料則成為尿液經前陰排出，故曰“氣化則能出矣”。
《素問·靈蘭秘典論》論述十二臟腑的主要功能及其相互關係，強調了各臟腑既分工又協作的整體協調的重要性和心的主導作用。十二臟腑的相互關係在於“凡此十二官不得相失”。十二臟腑在人體生命活動中發揮的功能和所處地位雖不相同，但它們的功能活動必須相互配合，相互為用，協調統一，不得相失，這種關係稱之為“相使”。如果十二髒失其相使協調的正常關係，就會“使道閉塞不通，形乃大傷”。充分體現了中醫整體觀思想。而在這個“相使”關係當中，心起著最為重要的作用。心為君主，君主聖明，則百官各司其職，安於其位，臟腑功能協調、正常。心主不明則神無所主，而臟腑相使之道閉塞不通，致使臟腑的功能失常。使道就是心神協調十二臟腑相互關係的通道，即血脈。而在這裡，心實際上又是“神”的代名詞，強調了神在臟腑相使中的主宰作用，舉凡《內經》論人體生理、病理、診斷、治療與養生，無不把“神”放在首位，也正體現了這一觀點。