乙肝漸進式治療的終點是分層次的，乙肝病毒 DNA降低至盡可能低的水準是成功抗病毒的第一層次治療終點。乙肝病毒 DNA降低至盡可能低的水準，病毒被抑制的程度應確保達到肝功能生化指標恢復正常，此時肝臟組織學得到改善，併發症得以預防。乙肝s抗原清除或血清學轉換是抗病毒更高標準的治療終點。乙肝病毒 DNA降至盡可能低的水準，肝臟生化指標達標和乙肝e抗原血清學轉換是一個較為現實的治療終點。
乙肝e抗原陽性患者
乙肝病毒 DNA降低到理想水準後，乙肝e抗原陽性患者通過抗病毒治療達到乙肝e抗原清除或乙肝e抗原血清學轉換是一個相對容易達標的治療終點。當乙肝e抗原陽性患者出現乙肝e抗原血清學轉換時，再經過一段時間的鞏固治療，可根據患者病情酌情考慮停藥。但停藥後應密切觀察，一旦有病情復發，應考慮再治療。
乙肝e抗原陰性患者
乙肝e抗原陰性患者停藥後復發率高於乙肝e抗原陽性患者，治療終點要求更高。乙肝核心抗原清除或乙肝核心抗原血清學轉換是乙肝e抗原陰性患者停止藥物治療的指征。乙肝e抗原陰性患者應適當延長抗病毒的療程。