慢性乙肝可分為免疫耐受期、免疫清除期、病毒殘留期3個階段。乙肝免疫耐受期指患者的免疫系統對感染的乙肝病毒不產生特異性免疫反應，機體與乙肝病毒長期和平共處，對於多數乙肝患者來說，都要經歷這一階段，在青少年以及兒童患者中比較多見。
特點
1.身體沒有明顯不適，沒有特殊異常表現，肝功能化驗基本正常。
2.肝臟內部的病變多為稍微的、潛移默化的，個別的肝組織活檢基本正常，多數肝臟有炎症反應，沒有肝纖維化或者輕度肝纖維化。
條件
有下列情況之一者,免疫耐受將形成：
1.外來抗原具有與機體表面抗原相同的表位；
2.免疫隔離部位抗原的釋放；
3.機體免役系統有缺陷，使得具調節作用的淋巴細胞生成有障礙。
應對措施
處在乙肝免疫耐受期並不代表肝細胞沒有炎症反應、沒有損傷，由於病毒在體內，特別在肝細胞內大量複製，干擾肝細胞基因的正常表達，對人體，特別是對肝臟構成持續的潛伏損害，所以常在學習緊張、工作繁忙、勞累等生命負荷較大時才顯露出來。因此乙肝免疫耐受期要定期複查肝功能。一般情況下，乙肝免疫耐受期患者乙肝病毒複製活躍，血清乙肝表面抗原和乙肝e抗原陽性，乙肝病毒DNA滴度＞105拷貝/ml，肝功能的血清丙氨酸氨基轉移酶正常，肝組織學無明顯異常即無需治療，但是需要每三個月到半年定期複查肝功能。