很多人不知道得紅斑狼瘡的主要病因，從而延誤了治療的最佳時機，不少患者會誤認為紅斑狼瘡是一種普通的皮膚病，就會自己用一些外用的膏藥塗在皮膚上，可是只有瞭解了紅斑的發病原因才能更好的治療，那麼紅斑狼瘡的病因到底是什麼?
遺傳是誘發紅斑狼瘡的重要因素，具有紅斑狼瘡遺傳因素的人，一旦遇到某些環境中的誘發條件，就會引發該病。據調查黑人亞洲人患紅斑狼瘡高於白人，有紅斑狼瘡家 族史的發生率可高達百分之五到百分之十二 ，同卵孿生中發病率高達 百分之七十 ，而異卵孿生與同家族群相差不大。
感染因素在紅斑狼瘡患者的腎小球內皮細胞和皮損中找到包涵體及類包涵體物質，血清中抗病毒抗體增高， 紅斑狼瘡動物模型 NZB/NZW 小鼠組織中可分離出 C 型病毒，並在腎小球內可測得 C 型病毒相關抗原的抗體。有人認為與鏈球菌或結核桿菌感染有關，但在病人中未得到證實。
與年齡和性別也是有一定的聯繫的。系統性紅斑狼瘡好發於中青年女性，育齡期女性的紅斑狼瘡的發病率比同齡男性高913倍，但青春期前和絕經期後女性紅斑狼瘡的患病率低，僅略高於男性。通過大量的研究證實，雌激素對系統性紅斑狼瘡的病因起著重要的作用，它能抑制細胞免疫和增加自身抗體的形成。
約百分之四十的紅斑狼瘡患者暴露于陽光或紫外線中，可見面部蝶形紅斑加重，或出現新的皮損，或使全身紅斑狼瘡的症狀加重，這種現象稱為光敏感。磺胺類、四環素等藥物因為能誘發光敏感，所以會增強紫外線的效應。因此，紅斑狼瘡的病因與環境因素也是有聯繫的。