紅斑狼瘡可累及身體各臟器，尤其是皮膚、腎、造血系統、關節、心血管系統。患者可有發熱、疲倦、厭食等全身症狀。亦常有淋巴結腫大，但多質軟、無壓痛。
1.皮膚黏膜 除了盤狀紅斑、蝶型紅斑等特異性皮損外，還可有甲周紅斑、光暴露部位水腫性紅斑，以及風團、丘疹、瘀點、瘀斑、水皰、糜爛、潰瘍、壞死等白細胞碎裂性血管炎的症狀及體征。常見的皮膚表現還有口腔潰瘍、脫髮（彌漫性脫髮或前額斷發）與雷諾現象。後者為遇冷後手指（足趾）變白、變紫、疼痛。
2.骨關節系統 可呈遊走性關節炎或進行性多發性關節炎。患者有關節腫痛。嚴重者可有股骨頭無菌性壞死。
3.腎 表現為腎炎或腎病綜合征，又稱“狼瘡腎”。患者可有血尿和（或）蛋白尿。尿常規檢查可見紅細胞、臼細胞、蛋白，甚至管型。腎炎嚴重者可因腎衰竭而死亡。
4.心血管系統 可有心包炎、心肌炎和心內膜炎以及各種類型的心律失常。其中以心包炎和心律失常相對多見。亦可見動、靜脈炎，如血栓閉塞性脈管炎及脈炎。
5.造血系統 可有貧血、白細胞減少、血小板減少。自身免疫性溶血性貧血是貧血的一個重要原因。白細胞減少主要是粒細胞和淋巴細胞的減少，淋巴細胞的減少與病情活動性相關。
6.呼吸系統 主要表現為胸膜炎與間質性肺炎的症狀和體征，如胸悶、胸痛、咳嗽等，應與繼發感染相區別。
7.消化系統 各種症狀和體征是消化系統血管炎的結果，表現為厭食、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、便血等。部分患者有肝脾大。
8.精神神經系統 可有各種精神障礙，如欣快、淡漠、幻覺、躁動、妄想等。中樞神經系統受累時可有顱內壓增高、腦炎、腦膜炎、蛛網膜下腔出血及各種腦血管以外的表現，如頭痛、嗜睡、驚厥、頸強直、偏癱、昏迷等。