紅斑狼瘡性腦病表現出的神經系統症狀，而糖皮質激素也會引起一些與精神症狀相關的不良反應，這兩種情況需要加以鑒別，以免出現其他問題。
紅斑狼瘡性腦病主要發生在系統性紅斑狼瘡的活動期或終末期，由於病變累及中樞神經系統，故而出現一系列的精神、神經症狀。
腦部感染或中、大劑量糖皮質激素治療時，患者也可以出現感情激動、抑鬱、不規則睡眠、噩夢或噁心嘔吐，癲癇樣發作等症狀，在臨床上難與狼瘡腦病鑒別。
在臨床上當患者出現精神障礙伴有神經病變或腦脊液異常時多考慮為系統性紅斑狼瘡本身所致的系統性紅斑狼瘡性腦病，此時若加大糖皮質激素用量，症狀可以減輕。如屬中樞神經系統感染，不能用大量糖皮質激素，而需用抗生素治療，而糖皮質激素引起的精神失常則需減少糖皮質激素的用量。